An application of Bayesian techniques to the genetic evaluation of growth traits in Eucalyptus globulus

Abstract

A Bayesian procedure coupled with Gibbs sampling was implemented to obtain inferences about genetic parameters and breeding values for height and diameter of 7-year-old Eucalyptus globulus Labill. is described. The data set consisted of 21 708 trees from 260 open-pollinated families taken from 10 different Australian provenances, from one Spanish population, and from two clones. The trees are distributed over eight sites in the south of Spain, with 20 blocks per site. Data were corrected for heterogeneity of phenotypic variances between blocks. In the analysis, a self-pollination rate of 30% for the open-pollinated families is assumed in the relationship matrix. The posterior means (and standard deviations) of the heritabilities of height and diameter and the genetic and phenotypic correlation were 0.217 (0.014), 0.128 (0.084), 0.768 (0.028), and 0.799 (0.003). Results from the standard restricted maximum likelihood method were 0.173, 0.113, 0.759, and 0.798, respectively. Most of the discrepancy in heritability estimates from both methods can be attributed to the adjustement of residual maximum likelihood estimates to the assumed self-pollination rate, which ignores the presence of clones in the trial. The effect of the method of prediction of breeding values (best linear unbiased prediction or Bayesian techniques) on the genetic superiority of the selected trees was not important. Differences in breeding value among provenances and among families were evidenced for both traits.Résumé : Les auteurs ont utilisé une approche basée sur la loi de Bayes conjointement avec la méthode d'échantillonnage de Gibbs afin d'obtenir des estimations de paramètres génétiques et de valeurs en croisement pour la hauteur et le diamètre chez des sujets d'Eucalyptus globulus Labill. âgés de 7 ans. La base de données comprenait 21 708 arbres représentatifs de 260 descendances issues de pollinisation libre originant de 10 provenances australiennes différentes, d'une population d'Espagne et de deux clones. Les arbres ont été répartis sur huit sites dans le sud de l'Espagne, à raison de 20 blocs par site. Les données ont été corrigées pour l'hétérogénéité des variances phénotypiques observée parmi les blocs. Lors de la réalisation des analyses, les auteurs ont assumé un taux d'auto-fertilisation de 30% pour les descendances issues de pollinisation libre. Cette valeur fut intégrée au sein de la matrice de liens de parenté. Les moyennes corrigées (et leurs écarts types) d'héritabilité pour la hauteur et le diamètre et de corrélations génétique et phénotypique affichaient des valeurs respectives de 0,217 (0,014), 0,128 (0,084), 0,768 (0,028) et 0,799 (0,003). Les résultats correspondants découlant de l'emploi de la méthode type du maximum de vraisemblance restreinte étaient respectivement de 0,173, 0,113, 0,759 et 0,798. La plus grande partie de la divergence entre les estimés d'héritabilité découlant des deux méthodes pouvait s'expliquer par la correction des estimés découlant de la méthode de maximum de vraisemblance résiduelle afin de t...

Provenance variation and genetic parameters of Eucalyptus viminalis in Argentina

“…This average relationship between trees could be used instead of 0.25 to modify the additive relationship matrix A. Different authors have used different coefficients of relationship in the same or different Eucalyptus species, ranging from 0.25 to 0.54 (see Hodge et al 1996; (Soria et al 1998…”

Direct and Competition Additive Effects in Tree Breeding: Bayesian Estimation From an Individual Tree Mixed Model

“…Bayesian estimation of (co)variance components As in SORIA et al (1998), GWAZE andWOOLLIAMS (2001), ZENG et al (2004) and CAPPA and CANTET (2006) (SORENSEN and GIANOLA, 2002). Under normality of breeding values and errors, the conditional likelihood of the observed data can be written as being proportional to: [12] where e = y -…”

Early results from genetic trials on the growth of Spanish cedar and its susceptibility to the shoot borer moth in the Yucatan Peninsula, Mexico

“…Block, family and their interactions were treated as random effects. Site and block variances were standardized to a variance of one for within or across-site analyses as appropriate, by dividing the deviation from the site or block mean by the site or block standard deviation using SAS PROC STANDARD (SAS, 1990), in order to avoid exaggerated genetic-by-environment interactions (Soria et al, 1998).…”