A delimitação de áreas de Preservação Permanente (APP) passa por uma escolha entre diferentes metodologias que podem culminar em variados mapeamentos destas áreas de interesse ambiental. Dentre estas escolhas podemos destacar as delimitações utilizando a Superfície Planimétrica, considerando a área como uma superfície bidimensional, e a Superfície Modelada, levando em conta os aspectos de rugosidade do terreno. O presente trabalho buscou realizar uma comparação entre estas duas metodologias através da aplicação na delimitação das áreas de APP de nascentes e margens de rio na bacia do rio Cuiabá, localizada no município de Petrópolis, região Serrana do Estado do Rio de Janeiro. Para tanto, foi utilizada uma base cartográfica na escala de 1:10.000 como fonte de informações planialtimétricas para a geração das APP em Superfície Planimétrica, e de um Modelo Digital de Elevação (MDE) utilizado com o auxilio do software APP 1.0 para delimitação das APP em Superfície Modelada. Os resultados apontam que quando tal delimitação é realizada utilizando a Superfície Modelada é possível observar uma subestimação da área protegida em até 12% se comparado com uma delimitação realizada em Superfície Planimétrica. Além disso, os limites das áreas de APP apresentam um arranjo espacial diferenciado, o que certamente pode interferir nas tomadas de decisão dos gestores ambientais.