El hongo fitopatógeno Moniliophthora roreri produce la moniliasis, una enfermedad que destruye la ma-zorca de cacao (Theobroma cacao L.) y, por tanto, reduce la producción del cultivo y los ingresos de los agricultores. En el departamento de Norte de Santander, Colombia, las pérdidas por esta enfermedad pueden alcanzar hasta 60% de la producción. El conocimiento sobre la biología del hongo es escaso y actualmente se están realizando estudios de identificación macroscópica, microscópica, y comportamiento in vitro frente a antagonistas como: Trichoderma asperellum, T. longibrachiatum, Paecilomyces sp. y Baci-llus brevis. En ocho municipios y corregimientos del departamento (El Zulia, Cúcuta, Tibú, Sardinata, Bucarasica, Teorama, Agua clara y El Tarra) se obtuvieron 56 aislamientos de M. roreri con fines de ex-tracción de ADN y análisis de PCR. El método de aislamiento se realizó a partir de mazorcas infectadas por M. roreri, las cuales fueron lavadas con agua destilada, fraccionadas en trozos de 2 x 2 cm y desinfes-tadas con hipoclorito de sodio (2.5%), y alcohol (60%), antes de la siembra en cajas de Petri con medio PDA e incubación por 10 días a 28 °C. Las regiones ribosomales, ITS, (espaciadores internos de transcri-tos) correspondientes al ADNr 18S, ITS1, 5.8S, ITS2 y 25S fueron amplificadas y secuenciadas. Amplico-nes de 600 pb (8 aislamientos), 740 pb (12 aislamientos) y de 750 pb, para los 36 aislamientos restantes. Los tamaños de los amplicones correspondieron a los esperados para la especie M. roreri y los análisis de BLAST confirmaron este nivel de caracterización.