Analisis Marka Gen Patogenik hlyF pada Escherichia coli Penyebab Kolibasilosis pada Ayam Buras

Abstract

Kolibasilosis merupakan penyakit bakteri pada unggas yang disebabkan oleh Avian Pathogenic Escherchia coli (APEC) Kemampuan APEC untuk menyebabkan penyakit tergantung pada faktor virulensi, salah satunya adalah gen patogenik hlyF yang ada dalam plasmid. Penelitian bertujuan untuk membuktikan keberadaan gen hlyF APEC di Bali dan mengetahui sekuen DNA dari gen hlyF tersebut serta kekerabatannya dengan gen hlyF dari negara lain. Penelitian ini menggunakan dua isolat APEC asal ayam buras di Kabupaten Tabanan dan Badung yang telah dimurnikan. Dalam penelitian ini, gen hlyF berhasil diamplifikasi dengan Panjang sekitar 600 bp. Kedua hasil sekuen gen hlyF yang dapat dibaca dengan baik memiliki homologi 100% dengan panjang 518 bp. Analisis filogenik dengan 25 data gen hlyF pada Escherichia coli dan bakteri lain di dunia menggunakan metode UPGMA dengan bootstrap (500 pengulangan). Seluruh data memiliki enam situs polimorfik pada tingkat asam nukleat dan dua tingkat asam amino. Gen hlyF asal Bali berada didalam satu kelompok dengan gen hlyF isolat E. coli dari berbagai negara di dunia. Gen ini dapat digunakan sebagai marker patogenik APEC di Indonesia.