Pandemi covid-19 telah memberi dampak pada seluruh aspek manusia kenyataan yang dihadapi saat menjadi sebuah persoalan bagi masyarakat di indonesia khususnya bagi dunia pendidikan. Tujuan dari penelitian ini menganalisis kendala belajar yang dialami oleh siswa dalam mata pelajaran biologi selama pandemi covid-19 di SMAS Katolik St.Gabriel Maumere. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode kualitatif yang bertujuan untuk mendapatkan data yang akurat yang mengenai masalah-masalah yang ada dalam penelitin Sumber data dalam penelitian yaitu guru mata pelajaran biologi dan siswa kelas XI dan XII MIA SMAS Katolik St. Gabriel Maumere yang merupakan narasumber biologi dan siswa bagi peneliti dalam mendapatkan informasi mengenai kendala dalam kegiatan biologi di masa pandemi covid-19 Teknik yang digunakan dalam penelitian ini adalah teknik observasi, wawancara, dokumentasi, penyebaran angket. Berdasarkan hasil penelitian menunjukan bahwa, kendala yang dialami siswa berbeda-beda diantaranya : pemahaman 2,7 kategori tidak baik, jaringan internet 2,0 kategori tidak baik, perencanaan pembeljaran 2,21 kategori tidak baik, media pembelajaran daring 2,96 masuk dalam kategori baik. Kendala-kendala yang dialami siswa pada pembelajaran biologi pada masa pandemi covid-19 membuat pembelajaran tidak maksimal, sehingga dalam penelitian ini diharapkan dapat mengambil bagian sebagai bahan pedoman agar pembelajaran kedepanya lebih baik lagi.