Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji sektor apa saja yang dapat dikembangkan dan memiliki daya saing, serta mengetahui perubahan struktur perekonomian daerah otonom baru antara lain Papua Selatan, Papua Tengah, Papua Pegunungan, dan Papua Barat Daya. Penelitian ini menggunakan metode LQ dan analisis shift-share. Hasil pemetaan sektor pada tahun 2010 dan 2019 menunjukkan sektor yang mengalami transformasi yaitu sektor Informasi dan Komunikasi, Jasa Pendidikan, Administrasi Pemerintahan, Pertahanan dan Jaminan Sosial Wajib, jasa lainnya, dan industri pengolahan. Kemudian analisis shift-share menunjukkan bahwa industri pengolahan dan sektor Pertanian, Kehutanan, dan Perikanan relatif tidak memiliki daya saing yang baik jika dibandingkan dengan sektor yang sama dalam skala nasional. Hasil tipologi Klassen menunjukkan bahwa seluruh wilayah Papua, sektor Administrasi Pemerintahan, Pertahanan, dan Jaminan Sosial Wajib berada pada Kuadran I. Sedangkan sektor Akomodasi dan Penyediaan Makanan Minum serta Pengadaan Listrik dan Gas di seluruh wilayah Papua berada pada Kuadran III. Untuk itu, selain dukungan insentif, diperlukan dukungan kebijakan dari pemerintah pusat dan pemerintah di DOB.