Analysis of global variability in 15 established and 5 new European Standard Set (ESS) STRs using the CEPH human genome diversity panel

Phillips, C.; Fernandez-Formoso, L.; García-Magariños, Manuel; Porras, L.; Tvedebrink, Torben; Amigo, Jorge; Fondevila, M.; Gómez-Tato, Antonio; Alvarez-Dios, J.; Freire-Aradas, Ana; Gómez-Carballa, Alberto; Mosquera-Miguel, Ana; Carracedo, Ángel; Lareu, Marı́a Victoria

doi:10.1016/j.fsigen.2010.02.003

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“…These 6-dye multiplex assays co-amplify the 22 polymorphic STR markers D1S1656, D2S441, D2S1338, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D10S1248, D12S391, D13S317, D16S539, D18S51, D19S433, D21S11, D22S1045, CSF1PO, FGA [FIBRA], TH01 [TC11], TPOX, vWA, SE33 [ACTBP2], and DYS391, the gender-specific Amelogenin and the Quality Sensor. All genetic loci have been characterized in numerous studies by other laboratories as examples: [5][6][7]. As a special feature, both kits contain an internal PCR control (Quality Sensor QS1 and QS2), which provides valuable data without affecting PCR performance, even in the case of low DNA content samples.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Developmental validation of QIAGEN Investigator® 24plex QS Kit and Investigator® 24plex GO! Kit: Two 6-dye multiplex assays for the extended CODIS core loci

Kraemer

Prochnow

Bussmann

et al. 2017

Forensic Science International: Genetics

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The original CODIS database based on 13 core STR loci has been overwhelmingly successful for matching suspects with evidence. In order to increase the power of discrimination, reduce the possibility of adventitious matches, and expand global data sharing, the CODIS Core Loci Working Group determined the expansion of the CODIS core loci to 20 STR plus three additional "highly recommended" loci (SE33, DY391, Amelogenin) Hares, 2015Hares, , 2012. The QIAGEN Investigator 24plex QS and Investigator 24plex GO! Kits are 6-dye multiplex assays that contain all markers of the expanded 23 CODIS core loci along with a unique internal performance control that is co-amplified with the STR markers. The "Quality Sensor" generates additional information for quality control and performance checks. Investigator 24plex QS is designed for purified DNA from casework and reference samples, whereas 24plex GO! is dedicated to direct amplification of reference samples, like blood or buccal cells on FTA or swabs.A developmental validation study was performed on both assays. Here, we report the results of this study which followed the recommendations of the European Network of Forensic Science Institutes (ENFSI) [3] and the Revised Validation Guidelines of the Scientific Working Group on DNA Analysis Methods (SWGDAM) [4]. Data included are for PCR-based procedures e.g. reaction conditions, effects of PCR annealing temperature variations, amplification cycles or cyclers, sensitivity (also in the context of the Quality Sensor), performance with simulated inhibition, stability and efficiency, precision, reproducibility, mixture study, concordance, stutter, species specificity, and case-type samples. The validation results demonstrate that the Investigator 24plex QS and Investigator 24plex GO! Kits are robust and reliable identification assays as required for forensic DNA typing in forensic casework analysis and databasing.

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Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Developmental validation of QIAGEN Investigator® 24plex QS Kit and Investigator® 24plex GO! Kit: Two 6-dye multiplex assays for the extended CODIS core loci

Kraemer

Prochnow

Bussmann

et al. 2017

Forensic Science International: Genetics

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“…Esto se debe a que los aim-snp presentan mayor poder en la diferenciación de grupos de poblaciones [7], en comparación con los str de cromosomas sexuales o el adn mitocondrial [2,47,48]. Sin embargo, las recientes investigaciones empleando marcadores InDels permiten proponer que los InDels pueden suplir la información aportada por los aim-snp, de manera que su utilización conjunta sería útil para dilucidar con una mayor probabilidad el origen biogeográfico del individuo del que proviene una muestra dubitada [8,19].…”

Section: Utilidad De Los Aimunclassified

Revisión sobre los marcadores del origen biogeográfico y su aplicación en la investigación forense

Popa¹,

Pardo²,

López-Parra³

2017

Colomb. forense

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Cómo citar este artículo: Popa DM, Arroyo-Pardo E, López-Parra AM. Revisión sobre los marcadores del origen biogeográfico y su aplicación en la investigación forense. Colomb Forense. 2016;4(1):15-26. doi: http://dx.doi.org/10. 16925/cf.v4i1.1958 Resumen. Propósito: actualmente, los marcadores que determinan el origen biogeográfico están teniendo mucho auge, especialmente en el ámbito forense. Estos marcadores permiten analizar el adn de un individuo y determinar su origen biogeográfico. Estos análisis se llevan a cabo con frecuencia a través de snp (Single Nucleotide Polymorphisms), pero más recientemente también a través de InDels. Debido a este auge, la finalidad de la revisión es recopilar información sobre los marcadores que actualmente se están utilizando, su diferente rendimiento y su problemática, así como las posibles soluciones. Periodo que se abarcó, origen y tipos de publicaciones: el periodo abarcado para el análisis es del año 2006 al 2016, con artículos recopilados de PubMed y Web of Science, sin ninguna preferencia en cuanto al origen. Punto de vista: aunque se han empleado para diferentes poblaciones y con diferentes marcadores, muestran resultados similares. Los artículos versan desde los tipos de marcadores seleccionados para el análisis, como marcadores autosómicos o de linaje, hasta comparaciones entre marcadores de la misma categoría, como los snp y los InDels entre los autosómicos. Se han seleccionado así para poder obtener una visión comparativa de los más eficaces para la detección del origen biogeográfico. Conclusiones: se ha comprobado que los más marcadores eficaces son los aim-snp autosómicos, en cuanto a diferenciación entre grupos poblacionales, y los aim-InDels, de forma suplementaria en los casos de mezcla poblacional.Palabras clave: InDels, origen biogeográfico, snp, str.

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“…The range of different length D16S539 alleles observed in the human population runs from allele 5 to allele 16, with allele 11 being the most common allele in most ethnic groups (Phillips et al 2011). The number of observed alleles and the varying frequencies for each allele in a population determine the chance of observing a heterozygous versus a homozygous genotype (expected heterozygosity (HET)) and the polymorphism information content (PIC) (Weir 1996).…”

Section: Dna Extractionmentioning

confidence: 99%

Forensic DNA Analysis

Prinz¹,

Lessig²

2014

Handbook of Forensic Medicine

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Analysis of global variability in 15 established and 5 new European Standard Set (ESS) STRs using the CEPH human genome diversity panel

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Developmental validation of QIAGEN Investigator® 24plex QS Kit and Investigator® 24plex GO! Kit: Two 6-dye multiplex assays for the extended CODIS core loci

Developmental validation of QIAGEN Investigator® 24plex QS Kit and Investigator® 24plex GO! Kit: Two 6-dye multiplex assays for the extended CODIS core loci

Revisión sobre los marcadores del origen biogeográfico y su aplicación en la investigación forense

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