Analysis of the african swine fever virus immunomodulatory proteins

Abstract

Молекулярная эпидемиология вирусных инфекций традиционно основывается на анализе изменений отдельных генов или генетических маркеров. Анализ генов вируса африканской чумы свиней (АЧС), кодирующих иммуномодулирующие белки является важным инструментом изучения разнообразия и эволюции вируса. В данной работе мы провели структурный и филогенетический анализ иммуномодулирующих белков 5el (ген A238L), i14l (ген DP71L), k11l (ген I329L) вируса АЧС. Степень нуклеотидных замен конкатенированных генов A238L, I329L и DP71L вируса АЧС выявила очищающий (стабилизирующий) отбор на уровне нуклеотидных последовательностей. Характеристика вариабельности отобранной нами группы генов вируса АЧС представляет большой интерес для поиска генетических различий в иммуномодулирующих белках. Результаты секвенирования генов A238L, I329L и DP71L и их филогенетический анализ показали, что эти гены являются консервативными среди большой группы генов вируса АЧС. Ген I329L является генетическим маркером общности происхождения. Ген DP71L у восточноафриканских штаммов X генотипа имеет две формы: длинную (184 аминокислоты) и краткую (от 70 до 72 аминокислот) и образуется путем слияния 13L и 14L. Все российские изоляты вируса АЧС, выделенные в 2016-2017 гг., по изученным генам идентичны референтному штамму ASFV/Georgia/wb/2007. Характеристика вариабельности белков 5el, i14l, k11l может послужить выявлению таргетных участков в геноме вируса АЧС и для разработки вакцин. Полученные данные позволяют оценить генетическое разнообразие иммуномодулирующих белков вируса АЧС и динамику их эволюции, предсказать возможное участие генов A238L, I329L и DP71L в вирулентности различных штаммов вируса АЧС. Ключевые слова: вирус африканской чумы свиней, секвенирование, филогенетический анализ, иммуномодулирующие белки, анализ синонимичных и несинонимичных замен.

African Swine Fever: Penyakit Emerging yang Mengancam Peternakan Babi di Dunia

“…Gen imunomodulator protein virus ASF dapat digunakan untuk mempelajari keragaman dan dinamika evolusi virus ASF seperti filogenetik dari protein imunomodulator virus ASF 5EL (Gen A238L), I14L (gen Dp71L) dan K11L (gen I329L) serta memprediksi virulensi virus ASF. Karakterisasi protein tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin ASF (Nefedeva et al 2019).…”

“…Hal ini mungkin dapat disebabkan karena virus ASF bersifat macrophage tropic, sehingga dapat memanipulasi kekebalan bawaan dan memiliki respon adaptasi dengan memodulasi fungsi makrofag yang dapat mencegah pengembangan sistem pertahanan imun tubuh dan menghambat interferon tipe 1 (Dixon et al 2013). Nefedeva et al (2019) telah melakukan evaluasi keragaman protein imunomodulator dan dinamika evolusi virus ASF untuk memprediksi kemungkinan peran gen A238L, I329L dan Dp71L terhadap virulensinya sehingga variabilitas protein imunomodulator 5EL, I14L dan K11L dapat mengindentifikasi situs target genom virus ASF dan potensi untuk pengembangan vaksin.…”