En el procesamiento del café se generan residuos orgánicos, como la cáscara y pulpa de cereza de café, que no son aprovechados y, consecuentemente, impactan en el medio ambiente. Considerando el aprovechamiento de estos residuos, el objetivo de este trabajo fue evaluar la presencia de componentes bioactivos en pigmentos extraídos de la pulpa y cáscara de cerezas de café, de las variedades Catimor y Typica, así también, comparar el impacto de métodos de conservación de estos residuos (in natura, seco y congelado), sobre el contenido de antocianinas totales (CAT), polifenoles totales (PFT) y la capacidad antioxidante. Los pigmentos de la cáscara y pulpa de café fueron extraídos con metanol acidificado, y posteriormente, fueron determinados los espectros que corresponden a compuestos antociânicos, por espectroscopia UV-Visible y FTIR-ATR. Valores de CAT fueron determinados mediante el método pH diferencial, los PFT a través del método Folin-Ciocalteu, y la capacidad antioxidante con el método 2,2-Difenil-1-Picrilhidrazilo (DPPH). Los resultados obtenidos para cáscara y pulpa: in natura, seca y congelada, de las variedades Catimor y Typica, revelan que el CAT muestra un rango de 35,16-10,16 mg cianidina 3-G/100g, el contenido de PFT de 1971,10-247,12 mg ácido gálico/100 g y la capacidad antioxidante por DPPH de 33,73-16,07 µmol trolox/g respectivamente. Los residuos secos de la variedad Catimor presentaron mayor actividad antioxidante, seguido de residuos in natura y congelados sin diferencia significativa entre ambos. De esta manera, los residuos del procesamiento del café poseen alto potencial agroindustrial como fuente de colorante natural.