Hoy en día, los sistemas inteligentes en el área médica son herramientas ingenieriles útiles para obtener información rápida, objetiva y precisa sobre los pacientes, permitiendo cuantificar ciertas variables en virtud de evidenciar los progresos de los pacientes en sus procesos de rehabilitación. Esta información es un apoyo para los profesionales de la salud ya que complementan y robustecen el diagnóstico y tratamiento de los pacientes, ayudándolos a la toma de decisión para mejorar los procedimientos médicos del paciente. Sin embargo, actualmente no existe una guía estandarizada para desarrollar sistemas inteligentes que apoyen el proceso de rehabilitación médica. Debido a ello, este trabajo tiene por objetivo desarrollar un procedimiento metodológico basado en factores claves a considerar para diseñar exitosamente sistemas inteligentes de apoyo al proceso de rehabilitación motora. La metodología propuesta es dividida en tres partes. Primero, una revisión bibliográfica, para identificar y validar los factores de éxito y los obstáculos de estos sistemas. Luego, se definen las etapas a seguir para el diseño de un sistema inteligente mediante el uso de metodologías ágiles para entregar flexibilidad al proceso e ir trabajando progresivamente las funcionalidades del sistema inteligente. Finalmente, se propone un protocolo de validación con los usuarios para verificar en la práctica el funcionamiento del sistema inteligente propuesto. La metodología propuesta es estudiada con un caso de rehabilitación motora por medio de un mouse adaptado.