A estrutura do solo é constituída de agregados pedogênicos e biogênicos, formados respectivamente pela hierarquização de agregados e pela ação da macrofauna, especialmente por minhocas. O comportamento destes organismos no solo está diretamente relacionado aos sistemas de manejo utilizado nos agroecossistemas, pois são sensíveis aos diferentes manejos adotados em áreas agrícolas. O objetivo foi de comparar atributos químicos do solo e de coprólitos de minhocas nativas em subsistemas de produção familiar com produção agroecológico e convencional. As variáveis estudadas foram analisadas utilizando-se o modelo estatístico, em delineamento inteiramente casualizado, com esquema fatorial (2x3x4), dois sistemas de manejo (convencional e agroecológico), três profundidades de coleta (superficial - coprólitos, solo – 0 a 20 cm e 20 a 40 cm) e quatro agroecossistemas (banana, hortaliças, milho e mandioca de mesa), totalizando 24 tratamentos, com nove repetições. Houve efeito de interação tripla significativa nas características químicas dos coprólitos de minhocas e do solo nas profundidades de 0-20 cm e 20-40 cm, entre sistemas de produção (S), profundidades (P) e subsistemas (A) em todas variáveis estudadas, exceto para o Ca2+, SB e CTC, as quais houve efeito de interações duplas significativas. A atividade das minhocas no solo reflete maior eficiência na qualidade nos atributos químicos dos agregados biogênicos, expressa pelos maiores valores de pH, matéria orgânica, fósforo, potássio e magnésio e menores de alumínio e acidez potencial. O sistema de manejo convencional promove maiores teores de fósforo, potássio e magnésio, entretanto, maior teor de alumínio, sódio e acidez potencial que o sistema de manejo agroecológico.