Asolation and characterization of new microsatellite markers for the cortés geoduck (Panopea globosa)

Abstract

The geoduck Panopea globosa is a long-lived and large endemic infaunal clam sustaining a growing fishery in the Northwest coast of México that, in spite of its increasing demand in Asian markets very little is known about its biology. In order to provide genetic markers to support genetic research of wild populations, nine novel microsatellite loci (di-, tri-, and tetranucleotide repeats) were developed using shotgun sequencing with next generation technology (Illumina). The number of alleles per locus ranged from 3 to 16 and the observed and expected heterozygosity ranged from 0.286 to 0.650 and 0.504 to 0.906, respectively. Five loci were found to be significantly deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium and three pairs showed evidence of linkage disequilibrium. Most loci are highly informative for population genetics and linkage analyses according to their polymorphism information content (> 0.5) and will be useful for increasing our understanding of the wild population structure and developing a sustainable fishery management. Aislamiento y caracterización de nuevos marcadores microsatelitales en la almeja generosa (Panopea globosa) La almeja generosa Panopea globosa es una especie infáunica longeva y de gran tamaño que mantiene una pesquería creciente en la costa del Noroeste de México. A pesar de su demanda creciente en los mercados asiáticos, se conoce muy poco acerca de su biología. Con la finalidad de proveer nuevos marcadores genéticos para la caracterización de poblaciones silvestres, se desarrollaron nueve marcadores microsatelitales nuevos (con patrones repetidos de di-, tri-, y tetranucleotídicos) utilizando secuenciación genómica aleatoria con tecnología de secuenciación de siguiente generación (Illumina). El número de alelos por locus varió de 3 a 16 y los valores de heterocigosidad observada y esperada variaron de 0.286 a 0.650 y 0.504 a 0.906, respectivamente. Cinco microsatelites se desvían del equilibrio de Hardy-Weinberg y tres pares de microsatélites mostraron evidencia de desequilibrio de ligamiento. La mayoría de los loci son altamente informativos para estudios poblacionales y análisis de ligamiento de acuerdo con su contenido de información de polimorfismos (> 0.5) y serán útiles para incrementar el conocimiento de la estructura genética de las poblaciones silvestres de esta almeja y para coadyuvar en su pesquería sustentable.