Las aguas residuales aportan nutrientes para los cultivos y aumentan el volumen de agua disponible para el riego, pero representan contingencias como la salinización y sodificación de los suelos, toxicidad en las plantas y riesgos para la salud humana. Con el objetivo de identificar los riesgos de salinización y sodificación de los suelos en los distritos de riego Tula y Alfajayucan, se realizó la caracterización física y química de 70 muestras de agua tomadas en canales, ríos, presas y manantiales. Se realizó el análisis de los parámetros pH y conductividad eléctrica (CE), y se determinó la concentración de los iones Ca2+, Mg2+, Na+, K+, CO32–, HCO3–, Cl–, SO42–, B y PO43–. Solo el 5.7 % de los sitios muestreados tiene buena calidad agronómica, de acuerdo con la CE; en todos los sitios muestreados predominan los iones Na+, HCO3– y Cl–, que dan lugar a la formación de las sales NaHCO3 y NaCl, que son tóxicas para la mayoría de los cultivos; existe riesgo de reducción en la infiltración del agua en el suelo en el 65.7 % de los sitios muestreados; en el 87.1 % de los sitios, el boro se encuentra en concentraciones que pueden ser tóxicas para los cultivos, y en el 48.6 % se supera la concentración de 2 mg/L de ortofosfatos. Con los parámetros evaluados, se concluye que la calidad agronómica de las aguas utilizadas en los distritos de riego Tula y Alfajayucan es deficiente, por los riesgos altos de salinización y sodificación del suelo, así como de toxicidad para los cultivos.