Compostos orgânicos provenientes de cinco amostras de sedimentos e um perfil com 75 cm foram coletados na Lagoa da Conceição, localizada na Ilha de Santa Catarina, com o objetivo de avaliar fontes de matéria orgânica. Os resultados que foram baseados na relação C:N:P, abundância relativa dos esteróis (com predomínio dos C 27 ), álcoois (0,2-1,2 µg g -1 ) e hidrocarbonetos lineares (0,4-5,0 µg g -1 ), e no uso do Índice Preferencial de Carbono (CPI), indicaram que a matéria orgânica é preferencialmente de origem terrestre (C/N > 10 e CPI > 2). Em todos os locais observaram-se correlações significativas entre as quantidades de fósforo (TP, média 5,20 µmol g -1 ) e carbono orgânico total (TOC, média 2,90 mmol g -1 ) com as frações de silte e argila. No perfil, que foi cronologicamente datado com o radionuclídeo 210 Pb, o intervalo de 55 a 75 cm apresentou predomínio de areia (> 50%). Entretanto, outros parâmetros, tais como TOC, TP e hidrocarbonetos também aumentaram nesse intervalo, o que sugere uma mudança na fonte de matéria orgânica.Lipid compounds from five sediment-water interface samples and a sediment core with 75 cm depth were used to assess sources of organic matter in Conceição Lagoon, located on Santa Catarina Island. The results which were based on the molar C:N:P ratios, relative abundance of sterols (dominated by the C 27 sterols), n-alkanols (0.2-1.2 µg g -1 ), n-alkanes (0.4-5.0 µg g -1 ) and the Carbon Preference Index (CPI), indicated that the organic matter is predominantly of terrestrial origin (C/N > 10 and CPI > 2). Total phosphorus (TP, average 5.20 µmol g -1 ) and organic carbon (TOC, average 2.90 mmol g -1 ) contents were well correlated with the silt and clay fractions at all locations. In the sediment core, chronologically dated with the radionuclide 210 Pb, the depth interval from 55 to 75 cm was dominated by the sand fraction (> 50%). However, parameters such as TOC, TP and n-alkane contents increased considerably at this depth suggesting a change in organic matter input sources.