En el Altiplano Potosino, un ecosistema árido y semiárido, Agave salmiana Otto Salm Dick ssp. crassispina (Trel Gentry) es una especie utilizada para la recolección de insectos comestibles y para producción de mezcal, bebida alcohólica tradicional con denominación de origen. El aprovechamiento para producción de mezcal de las poblaciones silvestres de Agave salmiana ssp. crassispina carece de un sistema de explotación basado en el conocimiento biológico de la especie. Esto tiene efectos demográficos, y a su vez podría causar el deterioro de sus recursos fitogenéticos y colocar a la especie en situación de riesgo. Este trabajo analizó diversidad genética y estructura poblacional de tres poblaciones silvestres de Agave salmiana ssp. crassispina en San Luis Potosí, México, mediante polimorfismos de longitud de los fragmentos amplificados, AFLP. La evidencia mostró un alto nivel de diversidad genética dentro de las poblaciones analizadas y un bajo nivel de diferenciación entre ellas, probablemente debido a una fragmentación del hábitat producida por actividades antropogénicas. Postulamos que la diversidad genética en las poblaciones analizadas, a pesar de la constante explotación, se origina por el sinergismo entre la polinización cruzada y la actividad de elementos genéticos transponibles. El alto grado de diversidad genética encontrado en las poblaciones silvestres analizadas en San Luis Potosí demuestra la importancia agroecológica de Agave salmiana ssp. crassispina en el Altiplano Mexicano, una región geográfica que abarca casi la mitad del territorio mexicano. Sin embargo, uso descontrolado y manejo inapropiado de las magueyeras silvestres podría arriesgar los recursos fitogenéticos de Agave salmiana ssp. crassispina.