ABSTRAK Kambing Peranakan Etawah (PE) merupakan hasil grading-up antara kambing Kacang dan kambing Etawah yang telah beradaptasi baik dengan lingkungan tropis lembap Indonesia. Kambing Peranakan Etawah (PE) merupakan kambing tipe dwiguna penghasil susu dan daging. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengevaluasi polimorfisme gen fekunditas melalui pengamatan empat gen kandidat untuk prolifikasi, yaitu gen BMP15 (exon 1), BMPR1B (exon 1), KISS1 (exon 1), dan KISS1 (intron 1) dan hubungannya dengan litter size pada kambing PE betina induk. Keragaman gen BMP15 (exon 1), BMPR1B (exon 1), KISS1 (exon 1), dan KISS1 (intron 1) dianalisis dengan teknik PCR-RFLP. Sampel DNA yang digunakan sebanyak 106 ekor kambing PE betina induk di BPTU-HPT Pelaihari di Pelaihari, Kalimantan Selatan (51 ekor) dan di Peternakan Cordero di Bogor, Jawa Barat (55 ekor). Analisis variasi peringkat satu faktor Kruskal-Wallis digunakan untuk menentukan apakah ada pengaruh genotipe gen fekunditas pada litter size. Data keragaman genetik antara kelompok kambing PE betina induk dihitung dengan pendekatan frekuensi alel dan genotipe, serta Polymorphic Informative Content (PIC). Hasil keragaman genetik kambing PE berdasarkan nilai PIC diperoleh di BPTU-HPT Pelaihari sebesar 0,313, sedangkan di Peternakan Cordero adalah 0,144 dengan nilai PIC total sebesar 0,244. Hasil analisis Kruskal-Wallis menunjukkan bahwa tidak ditemukan pengaruh genotipe gen BMP15 (exon 1), BMPR1B (exon 1), KISS1 (exon 1), dan KISS1 (intron 1) pada litter size. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lokus BMP15 (exon 1) dan KISS1 (exon 1) bersifat monomorfik, tetapi ditemukan dua lokus yang polimorfisme, yaitu lokus BMPR1B (exon 1) yang memiliki dua genotipe dengan frekuensi CC (96,23%), GG (3,77%), dan lokus KISS1 (intron 1) yang memiliki tiga genotipe dengan masing-masing frekuensi TT (80,19%), AT (17,92%), dan AA (1,89%).