Há necessidade da implementação de modelos didáticos no ensino médio, isso ocorre devido à complexidade dos conteúdos, principalmente em áreas como, Microbiologia, Botânica e Genética. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi investigar a compreensão de alunos do ensino médio sobre a morfologia das bactérias, e as contribuições de um material didático para o aprendizado de Microbiologia. A natureza da pesquisa foi quantitativa, e o desenvolvimento do estudo ocorreu com alunos da 2.ª série em duas turmas (A e B). A turma A foi o controle experimental (aula expositiva-dialogada e material didático), e a B como controle (aula expositiva-dialogada). Um questionário (pré-teste) foi aplicado em ambas as turmas para diagnosticar os conhecimentos básicos sobre o conteúdo de bactérias. Após a aula e a intervenção pedagógica, os alunos foram convidados a responderem um questionário-reflexivo (pós-teste). A maioria dos alunos conseguiu compreender as principais formas das bactérias, e identificar a estrutura ausente (carioteca) nesses procariotos. Portanto, constatou que boa parte dos alunos obtiveram êxito na diferenciação da morfologia das bactérias e ganhos de aprendizagem na turma A, em comparação a turma B. Assim, sugere ser importante utilizar meios alternativos de ensino que possibilitam melhor aprendizagem em sala de aula.