La investigación en didáctica de las ciencias ha mostrado durante los últimos años un interés creciente en el estudio de los aspectos afectivos (como las emociones o la autoeficacia) de alumnos y profesores hacia la enseñanza y el aprendizaje de las ciencias. El objetivo de esta investigación es diagnosticar las emociones y la autoeficacia de una muestra de 764 alumnos, de 1º, 3º y 4º de Educación Secundaria, ante los contenidos de Biología y Geología, asimismo analizar las causas de esas emociones. Se ha encontrado que los participantes sienten más emociones positivas que negativas, así como alta autoeficacia, en la práctica totalidad de los contenidos. Sin embargo, los ítems de Geología obtienen mayor promedio de emociones negativas y menor de positivas y autoeficacia que los de Biología. Respecto a las causas de las emociones, se aducen tanto afectivas como cognitivas; apuntando a actitudes en el alumno o en el profesor, o a la metodología.