Introdução: Muitos estudantes de medicina têm medo das neurociências e isso é descrito na literatura médica como neurofobia. A neurofobia parece estar relacionada principalmente ao pouco conhecimento de conceitos básicos na área. A aprendizagem ativa é uma metodologia de ensino na qual os estudantes estão envolvidos na construção do conhecimento, em oposição à aprendizagem passiva (AP). A aprendizagem baseada em equipe (ABE) é uma metodologia que facilita o processo de aprendizagem. Objetivo: Nosso objetivo foi investigar se a ABE melhoraria o desempenho acadêmico em tópicos de neurofisiologia por estudantes brasileiros de medicina e avaliar a percepção desses sobre essa metodologia de ensino. Métodos: O estudo envolveu estudantes da Faculdade de Medicina da Universidade Federal do Ceará no Brasil. Foram conduzidas atividades de monitoria sobre “Organização do Sistema Nervoso Central” (OSNC) e “Sistema nervoso autônomo” (SNA). Os estudantes tiveram atividades de monitoria sobre um tópico no formato ABE e outro no formato AP. Um questionário foi aplicado para comparar desempenho e avaliar a percepção sobre as metodologias de ensino. Resultados: Os estudantes que tiveram atividade de monitoria sobre OSNC usando ABE tiveram uma pontuação significativamente maior (7,5 ± 0,1, vs. AP: 6,2 ± 0,2) em comparação com AP. Para SNA, ABE também promoveu maior pontuação (6,5 ± 0,3, vs. AP: 5,3 ± 0,3). Número significativamente maior de estudantes classificou ABE como excelente ou muito bom e considerou que ABE promove maior interação, melhora o desempenho e incentiva comunicação e discussão. Conclusão: Esses resultados sugerem que ABE é uma metodologia de ensino eficiente para auxiliar os estudantes de medicina a construir um conhecimento básico sólido sobre neurociências e possivelmente superar a neurofobia.