A otite externa é uma patologia inflamatória muito comum em pequenos animais, sendo uma das principais afecções que motivam os tutores de cães e gatos a procurarem atendimento veterinário. É uma doença que apresenta diversos fatores desencadeadores e tem os agentes infecciosos como as principais causas. Os sinais clínicos observados nos animais são eritema, dor, prurido, secreção otológica, odor fétido e meneios de cabeça. O diagnóstico se baseia na anamnese, exame clínico do animal, com auxílio do otoscópio, considerando os achados epidemiológicos, resultados dos exames citológicos, culturas e testes de sensibilidade antimicrobiana. O tratamento é firmado na prévia limpeza do conduto auditivo aliado à terapia antimicrobiana tópica e ou sistêmica. O objetivo deste trabalho é estabelecer a microbiota bacteriana, fúngica e parasitária, presentes nas otites externas infecciosas de cães e gatos atendidos na clínica veterinária, bem como identificar os antimicrobianos com maior eficácia in vitro e obter dados epidemiológicos tais como raça, sexo e faixa etária predominante sobre essa afecção na região de Mineiros/GO.