Práticas de uso da terra como derrubada e queima estão entre os principais emissores de gás carbônico CO2 na atmosfera. Os sistemas agroflorestais (SAF´s) surgem como alternativas de uso dos recursos naturais, pois além de gerar diversos produtos de origem animal e vegetal são promotores em potencial, de serviços ecossistêmicos. Metodologias que se adequam a medição dos estoques de carbono do solo são dispendiosas e requerem rigor técnico. Equações de pedotransferência podem ser usadas para estimar a densidade do solo e consequentemente o estoque de carbono do solo, pois são de fácil aplicabilidade. Assim, o objetivo deste trabalho é avaliar e comparar o estoque de C obtido por meio de diferentes fórmulas/métodos em sistemas agroflorestais aos 28 anos da implantação e na floresta nativa, em três classes de solo. Foram avaliadas áreas com: Plintossolo Argilúvico Distrófico argissólico (FTd), Argissolo Vermelho Amarelo Distrófico plintossólico (PVAf), e Latossolo Vermelho Distrófico concrecionário típico (LVd), no ramal Baixa Verde, Nova Califórnia (Rondônia). Em cada tipo de solo foram avaliados SAF’s e áreas de floresta adjacentes. Em cada área foram abertas trincheira de 1 x 1 x 1,5 m para serem coletadas amostras de solo, descrição dos perfis e classificação dos solos. Na trincheira o solo foi coletado em seis profundidades de 0-10, 10-20, 20-40, 40-60, 60-80 e 80-100 cm. Para os cálculos de densidade estimada foi utilizado equação de pedotransferência (BENITES et al., 2007). Utilizou-se dela para estimar os estoques de carbono nas diferentes áreas de uso e foi feita correção do estoque de carbono. A densidade estimada variou de 1,04 a 1,33 g.com-3 para as áreas de SAF’s e 1,03 a 1,33 g.com-3 para as de floresta nativa. Nas estimativas de carbono estocado sem correção a área de Floresta LVd obteve maior valor absoluto de C 120,36 Mg.ha-1, para valores corrigidos de carbono o SAF 2 LVd obteve maior estoque 121,81 Mg.ha-1 em valores absolutos. Porém, não houve diferença estatística entre eles (p<0,05). A classe dos Latossolos Vermelhos foi a que obteve maior média de carbono estocado corrigido até 1 m 115,64 Mg.ha-1, seguido de Plintossolo Argilúvico com 82,21 Mg.ha-1 e Argissolo Vermelho Amarelo com 69,28 Mg.ha-1. Entre as áreas de uso os SAF’s estocaram carbono de forma similar ao de uma floresta nativa, demonstrando seu potencial como captadores e armazenadores de CO2.