Nas últimas décadas, as intervenções antrópicas têm alterado o ciclo dos processos naturais que ocorrem na superfície terrestre, com impactos que configuram o meio físico. O objetivo da pesquisa foi identificar e analisar geoindicadores (geoquímicos) de mudanças ambientais antropogênicas nos compartimentos ambientais (água e sedimentos) na bacia hidrográfica do rio Botas. A metodologia foi baseada na seleção de cinco pontos no perfil longitudinal do rio e análises laboratoriais (sedimento de leito e planície e água) para determinação dos elementos-traço: Cr, Cu, Ni, Cd, Pb e Zn. Os resultados indicaram a poluição da água e sedimentos pelos elementos Cr, Cu, Pb e Zn, com base nos valores de referência da National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA) (BUCHMAN, 2008) e CONAMA (2005). Observou-se uma variabilidade de 0,1 a 1,5 (Cr), 0 a 0,2 (Pb) e 0 a 0,2 (Zn) para água (mg/l); em sedimentos de leito (mg/kg) de 5,8 a 42,2 (Cr), 2,7 a 12,4 (Pb), 1,3 a 15 (Cu) e 22,9 a 69 (Zn); e, para sedimentos de planície (mg/kg) obteve-se a variação de 5,2 a 24,6 (Cr), 2 a 36,5 (Pb), 5,7 a 17,3 (Cu) e 20 a 242,2 (Zn), com indicação de aumento gradativo em direção à jusante do rio. Considera-se que os pontos poluídos têm interferência de esgoto industrial e doméstico in natura, associados aos diversos usos e cobertura da terra, que corroboram com o aumento de elementos-traço. Tais resultados indicam a degradação antropogênica em sistema fluvial associado ao longo histórico de degradação ambiental.