O controle de patógenos nas sementes de espécies nativas do cerrado constitui um mecanismo essencial para a produção de mudas. Essas desempenham um papel na preservação da vegetação nativa do país, tanto no contexto de regeneração ecossistêmica quanto na valorização de produtos nativos. O manuscrito tem por objetivo principal avaliar a eficiência das microondas eletromagnéticas sobre os patógenos e na qualidade sanitária de Buriti (Mauritia flexuosa L. f.), Pequi (Caryocar brasiliense Camb.), Cagaita (Eugenia dysenterica DC.), Marolo (Annona crassiflora Mart) espécies nativas alimentícias do Cerrado. Especificamente objetiva-se, [1] identificar e quantificar fungos desenvolvidos considerando cálculo de incidência, [2] identificar espécies fúngicas potencialmente patogênicas. A pesquisa foi desenvolvida em parceria com o Laboratório de Análise de Sementes do Campus Cerrado do Alto Parnaíba, da Universidade Estadual do Piauí. Os tratamentos foram expostos aos tempos de exposição foram de 0,10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80 e 90 segundos em micro-ondas a uma potência de 900w e a uma frequência de 2,45 GHz. Utilizou-se 20 sementes por tratamento, distribuídas em 4 repetições de 5 sementes; uma vez que a produção de sementes florestais é muito menor quando comparada com a produção de grãos. As sementes foram incubadas em temperatura ambiente por um período de 7 a 14 dias. Os dados foram submetidos a análise de variância e foram analisados os fungos encontrados. O tratamento de exposição a micro-ondas, mostrou-se eficaz na maior parte dos fungos estudados. Tornando-se uma grande aliada para pequeno produtor, já que por sua vez é uma tecnologia de baixo custo