La crisis mundial desatada por el Covid-19 ha afectado a todos los ámbitos de la vida y, por supuesto, también a las universidades. La suspensión de la docencia presencial ha comportado pensar en el futuro, pero también replantearse los presentes desafíos educativos: para qué aprendemos y de qué forma, para qué evaluamos y de qué manera. El propósito de esta contribución consta de presentar una reflexión teórica para delimitar cómo la evaluación formativa de los aprendizajes en la educación superior se puede acomodar en una situación de confinamiento y en el marco de una formación basada en competencias. Para ello, se profundiza en la reflexión teórica y práctica a partir de la sistematización de las evidencias científicas y la revisión de la literatura especializada sobre la temática. Así, la evaluación orientada al aprendizaje se pone en valor como punto de partida, se reivindica la autorregulación mediante la autoevaluación y la evaluación entre iguales y se pone el foco sobre la importancia de adaptar la evaluación mediante exámenes online. Esto implica que el profesorado deba integrar la asunción de alternativas en la situación de confinamiento alrededor del aprendizaje significativo y el desarrollo integral de los estudiantes, como un proceso prioritario y preferente para la mejora de su formación.