Brazilian fungal diversity represented by DNA markers generated over 20 years

Abstract

Molecular techniques using fungal DNA barcoding (ITS) and other markers have been key to identifying the biodiversity of different geographic areas, mainly in megadiverse countries. Here, we provide an overview of the fungal diversity in Brazil based on DNA markers of phylogenetic importance generated since 1996. We retrieved fungal sequences of ITS, LSU, SSU, tef1-α, β-tubulin, rpb1, rpb2, actin, chitin synthase, and ATP6 from GenBank using different field keywords that indicated their origin in Brazil. A total of 19,440 sequences were recovered. ITS is the most representative marker (11,209 sequences), with 70.1% belonging to Ascomycota, 18.6% Basidiomycota, 10.2% unidentified, 1.1% Mucoromycota, two sequences of Olpidium bornovanus (Fungi incertae sedis), one sequence of Blastocladiomycota (Allomyces arbusculus), and one sequence of Chytridiomycota (Batrachochytrium dendrobatidis). Considering the sequences of all selected markers, only the phyla Cryptomycota and Entorrhizomycota were not represented. Based on ITS, using a cutoff of 98%, all sequences comprise 3047 OTUs, with the majority being Ascomycota (2088 OTUs) and Basidiomycota (681 OTUs). Previous numbers based mainly on morphological and bibliographical data revealed 5264 fungal species from Brazil, with a predominance of Basidiomycota (2741 spp.) and Ascomycota (1881 spp.). The unidentified ITS sequences not assigned to a higher taxonomic level represent 1.61% of all ITS sequences sampled and correspond to 38 unknown class-level lineages (75% cutoff). A maximum likelihood phylogeny based on LSU illustrates the fungal classes occurring in Brazil.

The curse of the uncultured fungus

“…The two 15-country sets share 10 (67%) countries, primarily from parts of the world that are relatively well-studied from a mycological point of view. Several countries known as veritable hotspots for fungal diversity – for example, Thailand and Brazil ( Hyde et al 2018 ; Menolli and Sánchez-García 2020 ) – report dramatically lower proportions of kingdom-level sequences than do some countries with a more well-studied mycobiota. The figure suggests that factors other than lack of reference sequences are behind the prevalence of kingdom-level sequences.…”

Quais são as áreas de atuação em Micologia? Percepções de estudantes da formação inicial em Ciências Biológicas

“…Tal questionamento ocorre devido ao fato de que a universidade pode ser uma grande influência na escolha profissional dos estudantes, pois, são instituições em que se espera que os graduandos tenham possibilidades e contato com a área por meio de profissionais aptos a mediar essa interação até mesmo após a formação. Entretanto, a realidade se mostra adversa a isso e esta pesquisa pode corroborar o que se discute na literatura, porque já aponta-se a falta de disciplinas dedicadas exclusivamente para a Micologia nos cursos acadêmicos, além da falta de programas de pós-graduação, incentivo à pesquisa, investimentos financeiros, formação adequada de profissionais na área e falta de valorização de políticas públicas adequadas e os devidos cuidados com o grupo, não somente no Brasil, mas no mundo (GRUBE et al, 2017;MAIA et al, 2019;MENOLLI;SÁNCHEZ-GARCÍA, 2019;PERSIJN, 2017).…”

“…Esse estudo forneceu algumas percepções de parte dos estudantes de Ciências Biológicas provenientes de universidades públicas estaduais de São Paulo e, por isso, as constatações aqui apresentadas não devem ser extrapoladas. Essa sub-representatividade acadêmica apontada por grande parte dos participantes, corrobora o que já vem sendo discutido em trabalhos anteriores sobre as consequências negativas dessa realidade negligente da academia frente ao ensino dos fungos nos mais diversos contextos (GRUBE et al, 2017;MAIA et al, 2019;MENOLLI;SÁNCHEZ-GARCÍA, 2019;PERSIJN, 2017). Além disso, as constatações aqui apresentadas indicam uma necessidade de se expandir as possibilidades de atuação para biólogos em documentos oficiais que regulamentam a profissão, como o do CFBio.…”