Bursa’da plum pox virus (Şarka)'ün yaygınlığının ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesi

Abstract

ÖZETPlum pox virus (PPV) tarafından oluşturulan Şarka hastalığı, sert çekirdekli meyve türlerinin en önemli viral hastalığı olarak görülmektedir. Son yıllarda yapılan nükleotid dizileme çalışmaları ile PPV'nin Türkiye'de şehir merkezi ev bahçelerinde sanıldığından daha fazla yaygınlık ve genetik çeşitlilik gösterdiği belirlenmiştir. Ev bahçeleri Türkiye tipi PPV-D ve PPV-T ırkları ile bulaşık iken, kapama bahçeler Avrupa tipi PPV-M ırkı ile bulaşıktır. Bursa ili Türkiye'de önemli bir şeftali ve fidan üretim bölgesi olup, aynı zamanda Avrupa'dan gelen fidanların Türkiye içinde dağıtım merkezidir. Bu nedenle iyi izlenmesi gereken bir ildir. Bu çalışmada, Bursa ilinde surveyler yapılmış, tespit edilen PPV-pozitif örneklere ait izolatlar, Türkiye'nin diğer bölgelerinde ve Avrupa'da PPV izolatları ile karşılaştırılmıştır. Bursa ili ve civarında, 50 kapama bahçeden 118 örnek DASI-ELISA ve RT-PCR yöntemleri ile test edilmiş, 32 bahçeden alınan 64 örnek pozitif bulunmuştur. Bu örneklerin 664 nt uzunluğunda P3-6K1 bölgesi ve 969 nt uzunluğunda CT-3'UTR bölgesi dizilenmiş, GenBank'a kayıtlı 200 adet izolat ile birlikte analiz edilmiştir. Otuz şeftali bahçesinden alınan 56 izolatın, Türkiye kapama bahçelerinde tespit edilen Avrupa PPV-M izolatı olduğu belirlenmiştir. Bursa'da iki erik bahçesinden alınan 8 adet izolat ise PPV-D olarak tespit edilmiş olup, bu izolatlar Türkiye tipi PPV-D izolatları ile aynı grupta yer almıştır. Sonuç itibariyle, Bursa kapama şeftali bahçelerinin Avrupa tipi PPV-M ile yaygın olarak bulaşık olduğu ve bu izolatların PPV'nin yeni giriş yaptığı Aydın, Denizli, Çanakkale, Isparta ve Kayseri illeri kapama bahçe izolatları ile yakın genetik benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Bu sonuç, PPV-M ırkının Türkiye'de yayılmasında, Bursa-Türkiye üzerinden olan fidan trafiğinin rolüne işaret etmiştir. Determination of prevalence and genetic diversity of plum pox virus (sharka) in peach orchards in BursaAnahtar Sözcükler: Şarka Şeftali Sert Çekirdekli meyveler PPV-Marcus PPV-Dideron ABSTRACT Plum pox virus (PPV) is the most important viral disease of stone fruit species. Recent nucleotide sequencing studies have revealed that PPV is prevalent and exhibits high genetic diversity in residential gardens of several provinces in Turkey. Trees in residential gardens have been found to be infected by Turkish type PPV-D and PPV-T while trees in professional orchards in several cities have been found to be affected by the European strain PPV-M. The province Bursa is main peach producer region in Turkey but moreover Bursa hosts big nursery industry and is the distribution center of seedlings imported from European countries. In this research, surveys were made in the orchards of Bursa and surrounding regions, and comparisons were made in order to investigate genetic relationships among the isolates of Bursa and other PPV isolates determined in Turkey as well as European PPV isolates. A total of 118 samples from 50 orchards were examined by DASI-ELISA and RT-PCR methods. Of the all, 64 samples from 32 orchards were fou...

Determination and partial molecular characterization of Plum pox virus in Bolu province

“…PPV-M strain was previously reported in Aydın, Çanakkale, Denizli, İstanbul and Isparta (Gürcan andCeylan 2016, Gürcan et al 2019), Adana (Koç and Baloğlu 2006), Çanakkale, Mersin, Hatay (Ulubaş- Serçe et al 2011), Kayseri (Ceylan et al 2014), and Antalya (Çelik and Kütük 2013). In all these studies, the detection of PPV in newly established apricot or peach orchards (usually 4-7 years old) was reported (Gürcan and Ceylan 2016).…”

Türkiye'de Plum pox virus’un altı yıllık ülkesel sürvey ve eradikasyon programının değerlendirilmesi

“…PPV'nin ülkemizdeki varlığı ve yaygınlığı hakkında yapılan en kapsamlı çalışmada 2007-2010 yılları arasında 56 ilde 5.762 numune alınarak çalışılmış ve Ege, Marmara, Orta Anadolu ve Akdeniz bölgeleri bulaşık bulunmuştur (Akbaş et al 2011). Bu çalışmadan sonra bazı il ve bölgelerde de yaygınlık çalışmaları yapılmıştır (Gürcan 2016, Gürcan 2017. Yaygınlık çalışmaları ile beraber hastalığın mücadelesi amacıyla sertifikasyon sistemi kurulmuş ve etmenin tespit edildiği yerlerde yerel imkanlarla eradikasyon çalışmaları hızlandırılmıştır.…”