El objetivo fue determinar cómo se evidencia la eficacia de la ejecución presupuestal, en relación con las metas de las actividades del Programa control y prevención de cáncer, del Hospital María Auxiliadora de San Juan de Miraflores, periodo 2011-2017. La investigación es no experimental, de enfoque cuantitativo, corresponde a una investigación descriptiva, correlacional, de carácter longitudinal. En los resultados obtenidos de la fuente de financiamiento del presupuesto para tamizaje en mujeres para detección de cáncer de cuello uterino, reflejan que la fuente de financiamiento, predominante, proviene de recursos ordinarios, cuyo promedio anual fue de S/. 171, 817, que representa el 92.35%, del total del presupuesto, y solo S/. 13,094, que proviene de Donaciones y Transferencias, representando el 7.05%. Respecto al presupuesto modificado y ejecutado según la genérica del gasto, para Tamizaje en mujeres destinado a la detección del cáncer de cuello uterino, en promedio se gastó S/. 272.237 destinados solamente a bienes y servicios en un 100%, en el período estudiado. También se determinó que, existe una relación directa y significativa al 90% de confianza, entre la ejecución presupuestal y las metas logradas año por año, en el tamizaje en mujeres para detección de cáncer de cuello uterino, pero no con el examen de colposcopia con citología anormal de cáncer de cuello uterino, en la mamografía bilateral en mujeres de 40 a 65 años de cáncer de mama, y en la endoscopía digestiva alta en personas de 45 a 65 años de cáncer de estómago.