O objetivo deste artigo é analisar a assistência financeira da União aos municípios para a educação básica, a partir da atuação da Controladoria Geral da União (CGU) em auditorias realizadas no âmbito do Programa de Fiscalização em Entes Federativos (PFEF) durante o 5º ciclo de fiscalização (2016-2018). Para tanto, levando em conta o debate sobre a utilização dos recursos públicos federais na educação básica pelas áreas da Administração Pública, Ciências Contábeis e Economia (bem como por outras áreas) e utilizando os aportes teóricos de Susan Rose-Ackerman, Ray Fisman e Miriam A. Golden junto com as técnicas de análise de conteúdo de Laurence Bardin, tipificamos as irregularidades encontradas nos 57 relatórios em três categorias: corrupção, má gestão e incapacidade institucional. Os resultados, em síntese, indicam uma maior incidência de irregularidades nos casos de má gestão e incapacidade institucional em relação à corrupção, sendo necessária uma ação mais efetiva de assistência técnica da União aos municípios mais vulneráveis, bem como estudos qualitativos sobre a gestão dos programas federais no nível municipal.