En alpacas los fenotipos del color de vellón tienen diferentes terminologías que induce a una confusión dentro del color marrón y sus tonalidades, el que requiere de una mejor descripción y cuantificación. En consecuencia los objetivos del estudio fueron cuantificar el color de fibra e identificar los PNSs informativos del gen MC1R (receptor 1 de melanocortina) en alpacas marrones y negras. Un fenotipo vicuña (n=14) y cuatro fenotipos de alpacas (n=79), marrón claro, marrón oscuro, marrón-negro y negro fueron evaluados por colorimetría. El vellón de vicuña mostró mayor luminosidad (47.74) e intensidad de color (24.33) respecto a las alpacas marrones. Los valores obtenidos de CIE L*a*b* (luminosidad e intensidad) sugieren valores bajos en alpacas eumelánicas y altos en alpacas feomelánicas. En vicuña y alpaca la secuencia codificante del gen MC1R tiene un solo exón de 954 pb, las vicuñas no mostraron la deleción (c.224_227del). Sin embargo, esta deleción se ha observado en los tres fenotipos de alpaca (marrón claro, marrón oscuro y negro), al igual que los cinco PNSs no sinónimos que ya fueron descritos en otras poblaciones, c.82A>G, c.259G>A, c.376G>A, c.587T>C, c.901C>T (p.T28A, p.M87V, p.G126S, p.F196S y p.R301C). Para las dos especies, se identificaron un total de ocho haplotipos definidos por los cinco PNSs. No se observaron asociaciones entre los fenotipos de color y los PNSs: c.259G>A, c.376G>A y c.901C>T (p>0.05), probablemente debido a la influencia de otros genes como el ASIP en la expresión del color. Nuestros resultados, así como los estudios previos evidenciaron regiones altamente conservadas en la secuencia codificante del gen MC1R.