Os microrganismos são encontrados em todos os lugares em função das habilidades adaptativas e reprodutivas bem desenvolvidas, tornando sua disseminação ampla. No ambiente escolar encontram-se crianças e adolescentes em diferentes faixas etárias, esse fato requer preocupação em relação a saúde e segurança dos alunos constantemente expostos há microrganismos patológicos relacionados aos precários hábitos de higiene, conscientização em relação a própria saúde e a forma de higienização das carteiras da sala de aula. O estudo tem como objetivo caracterizar os microrganismos mais comuns encontrados no ambiente escolar, propondo boas práticas que venham inibir a proliferação dos mesmos. Foi realizado em duas Escolas Públicas do Estado do Tocantins, situadas no município Guaraí, com turmas de 6º ano do ensino fundamental e 3ºano do ensino médio. As coletas foram realizadas nas salas de aula higienizadas ao final de cada turno, a primeira coleta ocorreu antes do início da aula e a segunda ao término, em 10 (dez) carteiras, totalizando 40 amostras, 20 de cada sala. As técnicas utilizadas para a realização do estudo foram a observação de características morfológicas das colônias de bactérias e fungos, teste de Gram, catalase, técnica microscópica direta com hidróxido potássio (KOH). Houve crescimento de bactérias e fungos em todas as carteiras escolares dos centros de ensino supracitados. Evidencia-se a necessidade da conscientização dos discentes sobre o adequado hábito de higiene, adequação sobre a forma correta de higienização das salas e mobílias nas escolas, a fim de diminuir a proliferação de microrganismos e consequentemente o risco de doenças infecciosas.