El nanche (Byrsonima crassifolia (L.) H.B.K) pertenece a la familia Malpighiaceae. El género Byrsonima tiene distribución noetropical y presenta gran diversidad con más de 100 especies. El objetivo del trabajo fue caracterizar la variabilidad morfológica y genética del fruto de nanche nativo. El trabajo se realizó durante el año 2020, se hizo una recolecta en huertos comerciales en San Lorenzo (SL’s), municipio de Ruiz, Nayarit, se realizó una caracterización morfológica, fisicoquímica y molecular, el análisis estadístico se efectuó con el paquete (SAS) ver.9.0 y los datos genéticos fueron analizados con el software GenAlEx. Los genotipos SL-4 y SL-8 (cultivados) y de los nativos NAT-5 y NAT-6, son de selección del productor, que optan por las siguientes características: nanche grande, dulce, agridulce o agrio, y de color amarillo. Se encontraron ocho marcadores microsatélites ISSRs con los cuales se obtiene polimorfismo, el análisis de conglomerados formo cuatro grupos con las 15 accesiones de nanche, el número máximo de alelos fue siete, la heterocigosis esperada (He) se obtuvo en un rango de 0.58-0.62, la cual es una medida de la diversidad genética, estos índices indican alta diversidad genética de nanche en los municipios de Nayarit.