Introdução: Vários estudos têm demonstrado associação do vírus Epstein-Barr (EBV) com neoplasias malignas, inclusive genitais, em que o papilomavírus humano (HPV) é o principal vírus associado às neoplasias epiteliais benignas e malignas. Objetivo: Investigar a presença do EBV e do HPV em lesões genitais de ambos os sexos, em pacientes soropositivos (grupo A) ou não (grupo B) para o vírus da imunodeficiência humana (HIV). Material e método: Selecionados 126 pacientes e 135 lesões anogenitais, sendo 67 pacientes (53%) e 75 lesões (56%) no grupo A e 59 pacientes (47%) e 60 lesões (44%) no grupo B, para análise imuno-histoquímica (IHQ) por meio dos anticorpos monoclonais antiproteína latente de membrana 1 (LMP1) e HPV (DAKO ® ). Resultados: A análise mostrou que o número total de lesões com imunopositividade para o HPV e para a LMP1 foi maior no grupo A (32 e 35, respectivamente) quando comparado ao B (16 e seis, respectivamente). A análise estatística (nível de significância de 5%) mostrou que as proporções para o HPV não são estatisticamente significativas (z = 1,93; valor p = 0,053). Entretanto, para a LMP1, a diferença (47% no grupo A e 10% no B) é significativa (z = 4,60; valor p = 4,2×10-6). Do mesmo modo, a associação HPV-LMP1 (21% no grupo A e 7% no B) também mostrou diferença estatisticamente significativa (z = 2,38; valor p = 0,017). Conclusão: Esses resultados indicam a possibilidade de sinergismo da infecção pelo EBV e a coinfecção EBV-HPV em lesões epiteliais genitais, particularmente em pacientes soropositivos para o HIV. Entretanto, investigações com metodologia de maior especificidade e sensibilidade são necessárias para a verificação da real participação do EBV na patogênese de lesões epiteliais genitais.