Soil organic matter (SOM) is a major driver of key agroecosystem functions. Our objective was to examine the dynamics of organic matter in whole soil, particulate (POM; >53 μm size), and mineral-associated (MAOM) fractions under varying crop rotations and nutrient managements at two long-term experimental sites (Breton and Lethbridge). Soil samples were collected from simple (2 yr) and complex (5 or 6 yr) crop rotations at the 5-10 cm depth. We found associations between SOM pools versus microbial community and soil aggregation. Compared to cropped soils, an adjacent forest exhibited a significantly higher soil total organic carbon (TOC) and a shift in SOM fractions with substantially higher POM. However, the forest soil had the lowest microbial biomass C among all the assessed land use systems (P < 0.05), suggesting that other factors than the amount of labile SOM (i.e., POM-C) were controlling the microbial community. When contrasted to simple 2 yr rotations, the complex rotations including perennials and legumes significantly raised TOC and soil total nitrogen as well as the stable SOM fraction (i.e., MAOM-C and -N) consistently for both Breton and Lethbridge sites. Our findings highlight that varying land managements have profound feedbacks on soil quality as mediated by alterations in long-term SOM dynamics.Résumé : La matière organique (MO) joue un rôle important dans le fonctionnement des écosystèmes agricoles. Les auteurs voulaient approfondir la dynamique de la MO dans le sol entier, dans les particules de matière organique (PMO; granulométrie > 53 μm) et dans les minéraux associés à la matière organique (MAMO) en fonction du régime d'assolement et de gestion des éléments nutritifs à deux sites expérimentaux à long terme (Breton et Lethbridge). Pour cela, ils ont échantillonné le sol des assolements simples (2 ans) et complexes (5 ou 6 ans) à une profondeur de 5 à 10 cm. Le réservoir de MO présente des liens avec la microflore tellurique et les agrégats. Comparativement aux sols cultivés, le sol d'une forêt contigüe s'est avéré sensiblement plus riche en carbone organique total (COT), et la MO comprenait sensiblement plus de particules. Cependant, le sol forestier présentait la plus faible biomasse microbienne parmi les sols examinés (P < 0,05), signe que d'autres facteurs que la concentration de MO labile (à savoir, le C-PMO) régissent la microflore. Comparativement aux assolements simples de deux ans, les assolements complexes incluant des vivaces et des légumineuses accroissent sensiblement le COT et l'azote total du sol, de même que la fraction de MO stable (à savoir, C-MAMO et N-MAMO), tant aux sites de Breton qu'à ceux de Lethbridge. Ces constatations soulignent que les différents régimes de gestion du sol ont des répercussions appréciables sur la qualité du sol, consécutivement à une modification de la dynamique à long terme de la MO. [Traduit par la Rédaction] Mots-clés : écosystème agricole, biomasse microbienne, matière organique du sol, agrégation, qualité du sol.