La colibacilosis aviar producida por infecciones de Escherichia coli es causa de elevados niveles de mortalidad y morbilidad en la industria avícola. El objetivo de este trabajo fue identificar las cepas patógenas de explotaciones avícolas en el Perú en base a la presencia de cinco genes codificadores de los factores de virulencia: iss, iucC, tsh, cvaC e irp2, mediante la técnica de Multiplex PCR. Se muestrearon 36 aves entre los 14 y 31 días de edad, provenientes de tres centros avícolas ubicados en el norte, centro y sur del país. Se hicieron aislados intestinales y se obtuvieron tres colonias sospechosas de E. coli por ave (n=108 colonias), que fueron evaluadas bioquímicamente con TSI, SIM, LIA y CITRATO, y adicionalmente con agar EMB para confirmación del diagnóstico. Las 41 colonias positivas a E. coli fueron analizadas mediante Multiplex PCR, resultando 65.9% de colonias potencialmente patógenas (portadoras de dos o más genes codificadores de virulencia); asimismo, se demostró que el 9.8% de los aislados contenían los cinco genes. Adicionalmente, los tres patotipos que contienen los genes irp2, iucC y tsh fueron encontrados en las zonas de La Libertad y Lima.