Este estudo visou avaliar a qualidade física, química e biológica de um Neossolo Litólico sob integração lavoura-pecuária em propriedades agrícolas familiares localizadas no Bioma Pampa, definindo quais destes indicadores são capazes de detectar o efeito das diferentes práticas de manejo utilizadas em diferentes sistemas de uso: campo nativo pastejado, pastagem de azevém e milho. Amostras de solo foram coletadas nas camadas de 0,00-0,05 m, 0,05-0,10 m e 0,10-0,20 m para quantificar a densidade do solo, porosidade total, diâmetro médio ponderado, carbono orgânico e nitrogênio total, carbono da fração grosseira, carbono associado aos minerais, carbono da fração leve livre, carbono da fração leve oclusa, carbono da fração pesada, carbono da biomassa microbiana e respiração basal do solo. A análise fatorial evidenciou que os fatores “Matéria Orgânica”, “Matéria Orgânica Leve” e “Carbono Humificado” são os mais sensíveis para detectar os efeitos das diferentes práticas de manejo utilizadas. Os indicadores que compõem o “Fator Matéria Orgânica” estão mais associados ao campo nativo, os que compõem o “Fator Agregação”, “Fator Frações Granulométricas” e “Fator Porosidade Total” estão mais associados aos sistemas milho e pastagem. A densidade do solo, a fração pesada da matéria orgânica e o carbono microbiano encontram-se relacionados aos três sistemas de uso do solo.