В статье рассмотрена проблема чрезмерной зависимости российской системы научной периодики от международных баз данных, обострившаяся после ухода с отечественного рынка компаний -владельцев глобальных индексов цитирования Web of Science и Scopus. Сделан вывод, что системы научной периодики, имеющие в своей основе национальную составляющую, проявляют большую устойчивость под влиянием внешних вызовов. Проанализирован российский опыт составления национальных списков научных журналов на примере выборки изданий по экономике и смежным дисциплинам. Выявлены и классифицированы основные ошибки, допущенные при внедрении журнальных метрик в систему оценки результативности научных исследований, и предложены пути их решения. Результаты анализа позволили показать изъяны в процедуре отбора журналов, которые привели к тому, что в состав так называемых «белых списков» оказались включены не все ведущие российские журналы, получившие признание на международном и национальном уровне. Обосновано, что критической недоработкой процедуры ранжирования журналов, включенных в национальные перечни, является смешение квартильных метрик из разных международных баз данных, вызвавшее нарушение логики в распределении позиций изданий, сходных по научному уровню и статусу. В качестве итогов исследования определены качественные критерии, значимые для оценки научных журналов, и на их основе предложены три категории, по которым могут ранжироваться издания в национальных списках. Полученные выводы могут быть использованы в практике государственного регулирования научной деятельности отдельных исследователей и организаций.