Introducción. Los productores de papaya prefieren plantas hermafroditas por las características de sus frutos; pero deben esperar hasta el inicio de la floración para identificar y seleccionar las plantas. Actualmente, es posible determinar el sexo de las plantas de papaya en estado de plántula mediante marcadores moleculares. Objetivo. El objetivo de esta investigación fue comparar el crecimiento vegetativo y productivo de plantas de papaya híbrido Pococí, sexadas mediante dos sistemas: convencional (SC) y molecular (SM). Materiales y métodos. Para el sistema de sexado convencional se empleó el método tradicional de siembra de los agricultores, que consiste en plantar tres plántulas y determinar el sexo por inspección visual, eliminar las plantas femeninas y dejar una planta hermafrodita por sitio de siembra. En el sistema de sexado molecular se determinó el sexo en el almácigo con base en marcadores moleculares y luego se estableció una planta hermafrodita por sitio de siembra. El ensayo se realizó en la finca de un productor de papaya localizada en la Rita de Guápiles, provincia de Limón, Costa Rica, entre marzo y octubre del año 2010. Resultados. No se observaron diferencias significativas para altura de planta y diámetro de tallo con ambos sistemas de sexado, lo que indica que el periodo de competencia inicial a que fueron sometidas las plántulas en el sistema de SC no afectó el desarrollo vegetativo. Para las variables productivas, se encontraron diferencias significativas entre ambos sistemas de sexado. Las plantas con SM presentaron floración y cuaje de frutos a más temprana edad. La producción total y la calidad de fruta fueron similares entre ambos tratamientos. Conclusión. El sistema de sexado no influyó sobre el crecimiento, desarrollo y rendimiento de las plantas bajo las condiciones de este estudio, lo que indica la posibilidad de utilizar plantas SM para el cultivo del híbrido Pococí.