ZusammenfassungDas menschliche Mikrobiom und im speziellen die gastrointestinale Mikrobiota sind mit Gesundheit und Krankheit assoziiert. Eine Störung ihrer Zusammensetzung oder Funktion (Dysbiose) spielen eine Rolle bei der Entstehung von kindergastroenterologischen Krankheitsbildern. Der fäkale Mikrobiota-Transfer (FMT) ist eine spezielle Intervention, bei der intestinale Mikrobiota eines gesunden Spenders transferiert werden.In diesem Review beschreiben wir die aktuelle Studienlage bezüglich FMT bei pädiatrischen Patient*innen. Für rezidivierende C. difficile-Infektionen bestehen eine gute Datenlage und Empfehlungen der entsprechenden Fachgesellschaften. Bei der Behandlung von chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (CED) mittels FMT liegen erste Daten vor, die auf eine Reduktion der Krankheitsschwere hindeuten.Nebenwirkungen traten in Studien häufig auf, zeigten sich aber meist milde und transient. Zu in der Pädiatrie besonders bedeutsamen langfristigen Nebenwirkungen eines FMT existieren kaum Daten.Bei der praktischen Durchführung besteht große Unklarheit, welche Modalitäten und Applikationsrouten angewendet werden sollten. Rechtlich gilt Spenderstuhl im deutschsprachigen Raum als Arzneimittel, für das keine Zulassung vorliegt.Insgesamt sind die Erkenntnisse zu den physiologischen Zusammenhängen, Wirkungen und Nebenwirkungen noch unzureichend und rechtliche Rahmenbedingungen erschweren die Durchführung. Weitere klinische Studien auf dem Gebiet sind zwingend notwendig.