La prevalencia de infección por virus Papiloma Humano (VPH) es desconocida en niños, niñas y adolescentes (NNA) chilenos. En 2014 se incorporó en Chile la vacuna VPH al Programa Nacional de Inmunizaciones en niñas y en varones el 2019. Objetivo: Determinar la prevalencia, genotipos y características de la infección por VPH en NNA con lesiones anogenitales no vacunados contra VPH. Pacientes y Método: Se estudiaron NNA con lesiones anogenitales que consultaron en el Hospital Calvo Mackenna entre 2013 y 2017. Se registró motivo de consulta, edad, sexo, antecedentes de familiar portador de lesiones por VPH, antecedente de vulneración sexual, y actividad sexual consentida. Se detectó VPH por PCR y tipificación mediante hibridación reversa en línea del gen L1. Las muestras se analizaron en la Sección de Virus Oncogénicos del Instituto de Salud Pública. Resultados: Se estudiaron 110 pacientes; 44.5% niños/as. Se detectó VPH en 34 (30,9% [IC95% 22,4- 40,4]); 22 (44,9%) niños/as y 12 (19,7%) adolescentes. Once (91,7%) adolescentes tenían antecedente de contacto sexual (p < 0,005); 4 (18,2%) niños/as develaron vulneración sexual. 25% de las lesiones genitales y 50% de las perianales eran VPH (+) (p 0,015). Los genotipos más frecuentes fueron 59, 58, 16, 18, 6 y 11. En niños/as se detectó sólo genotipos de bajo riesgo. En 91.7% de las adolescentes VPH (+) se detectaron genotipos de alto riesgo. Conclusión: La prevalencia de infección por VPH fue 30%. En adolescentes la infección estuvo relacionada a contacto sexual y a VPH de alto riesgo. En niños/as se asoció a genotipos de bajo riesgo. Las lesiones perianales se asociaron con mayor frecuencia que las genitales a infección por VPH. La inspección visual no permite precisar la etiología de las lesiones genitales, por lo que es necesario realizar test de PCR para virus papiloma humano.