OBJETIVO: Analisar os resultados obtidos na triagem auditiva neonatal realizada por meio de dois procedimentos, Emissões Otoacústicas Transientes e Potencial Evocado Auditivo de Tronco Encefálico - modo automático, em uma população de neonatos saudáveis de um hospital público, considerando-se o gênero masculino e feminino e o lado em que a falha ocorreu. MÉTODOS: Foram incluídos na pesquisa neonatos de alojamento conjunto, nascidos em um hospital público, e que realizaram triagem auditiva após a alta hospitalar. Utilizou-se para triagem as Emissões Otoacústicas Transientes (EOAT) com critério passa/falha e o reteste com o Potencial Evocado Auditivo de Tronco Encefálico-modo automático (PEATE-A). RESULTADOS: Foram testados 5106 neonatos, 51,3% do sexo masculino e 48,7% do sexo feminino. Falharam 628 (12,3%) neonatos, 368 (58,6%) do sexo masculino e 260 (41,4%) do gênero feminino, sendo encaminhados para o PEATE-A. Destes, 223 (35,3%) compareceram ao exame, 199 (89,2%) passaram e 24 (10,8%) falharam; 17 (70,9%) do gênero masculino e sete (29,1%) do gênero feminino. Houve diferença estatística significante entre falha auditiva por meio das emissões otoacústicas e sexo. Encontrou-se 10% de neonatos que falharam nos dois procedimentos de triagem. CONCLUSÃO: Encontrou-se um número maior de falhas em crianças do gênero masculino no teste de emissões otoacústicas transientes. Não houve diferença entre neonatos do gênero masculino ou feminino quanto às falhas nas orelhas esquerda e direita.