Comparative study of direct polymerase chain reaction, microscopic examination and culture‐based morphological methods for detection and identification of dermatophytes in nail and skin samples

Abstract

The positive rates of dermatophytes isolated and identified by conventional methods are rather low. Moreover, clinical isolates sometimes show atypical morphology, and in such cases microscopic methods are not applicable for identification. The present study was performed to assess the utility of specific polymerase chain reaction (PCR)-based methods for Trichophyton rubrum and Trichophyton mentagrophytes as diagnostic tools for dermatophytoses. Both conventional morphological identification and specific PCR methods based on the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS)1 DNA sequence were performed to identify dermatophyte species from clinical specimens of patients who visited Kawasaki Social Insurance Hospital between 16 May and 17 August 2005. Specific PCR methods were also directly applied to clinical specimens, and the results of the two methods were compared. The clinical samples examined consisted of 126 skin scale specimens and 80 nail specimens. The positive rates of culture isolation from clinical specimens were 67% and 33% for skin scale and nail specimens, respectively. In contrast, PCR analysis yielded a positive rate of 100% for clinical isolates from both skin scales and nails, and rates of 95% and 99% were obtained by direct application to clinical specimens. The results of the present study indicated that specific PCR is highly advantageous as a diagnostic tool for detection and identification of dermatophytes on direct application to skin scale or nail specimens.

Development and Evaluation of a Novel Real-Time PCR for Pan-Dermatophyte Detection in Nail Specimens

“…The infection is primarily caused by dermatophytes which may be the most common superficial mycosis. More than 10 % of the general population is infected with dermatophytes [1,2]. The incidence of tinea unguium has been sharply increasing in recent years due to the extensive use of immunosuppressive chemotherapy, a growing geriatric population, and an increasing number of immunocompromised patients [3].…”

Epidemiological survey of dermatophytosis in meat rabbits with alopecia in Portugal

“…The diagnosis must be made based on isolation of the organism from affected tissues and visualisation of tissue invasion by organisms with compatible morphology. However, it is very difficult to culture these agents (Kane et al, 1997;Uchida et al, 2009).…”

The Use of Polymerase Chain Reaction in Laboratory Diagnosis of Dermatophytosis

“…mentagrophytes'e özgül nPCR arasında iyi düzeyde (κ= 0.78), pan-dermatofi t nPCR ile T.rubrum/T.mentagrophytes'e özgül nPCR arasında mükemmel düzeyde uyum bulunmuştur (κ= 0.93). Hat 4,5,[7][8][9][10]12,16,19,21: Negatif örnekler; Hat 6,11,[13][14][15]17,18,20, …”

“…Aynı zamanda kültürde üreyen suşların tümü pan-dermatofi t nPCR ile dermatofi t olarak, T.rubrum/T.mentagrophytes'e özgül nPCR ile tür düzeyinde, aynı gün içinde ve ek teste gerek kalmadan tanımlanmıştır. Yapılan bazı çalışmalarda, benzer şekilde kültürde üremiş ancak tanımlanamamış suşların PCR ile kısa sürede ve doğru olarak tanımlandığı bildirilmiştir 5,10 . Turin ve arkadaşları 6 kültürde üretilen dermatofi tlerden ve kazıntı örneklerinden yapılan 18S rDNA'yı hedefl eyen PCR ile dermatofi t türlerinin ayrılamadığını, ITS bölgesini hedefl eyen PCR ile bu ayrımın yapılabildiğini; 20 örneğin 12'sinde kültürde üreme saptandığını, 10'unda PCR ile pozitif sonuç alındığını bildirmiştir.…”

“…Araştırmacılar aynı yöntemi kullandıkları diğer çalışmalarında dermatofi toz şüpheli 105 deri örneğinde DMİ, pandermatofi t nPCR ve kültür ile pozitifl ik oranlarını sırasıyla %63.8, %82.8 ve %23.8 olarak saptamışlar ve dermatofi tozların laboratuvar tanısında pan-dermatofi t nPCR'nin altın standart olarak kullanılabilebileceğini belirtmişlerdir 9 . Uchida ve arkadaşları 10 , DMİ'de mantar elemanları görülen 206 örnekte (126 deri, 80 tırnak örneği) kültür temelli morfolojik yöntemler ile deri ve tırnak örneklerinde sırasıyla %67 ve %33, PCR ile %95 ve %99 oranında pozitifl ik saptamışlardır. Berk ve arkadaşları 20 onikomikoz şüpheli 90 örneği inceledikleri çalışmalarında, örneklerin 72'sini DMİ ile, 20'sini kültür ile, 75'ini T.rubrum'a özgül primerlerin kullanıldığı gerçek zamanlı PCR ile pozitif bulmuşlar ve moleküler yön-temlerin geleneksel yöntemlerin tamamlayıcısı olduğunu vurgulamışlardır.…”