Comparison of protocols for genomic DNA extraction from velame pimenta (Croton linearifolius), a native species to the Caatinga, Brazil

Abstract

The Caatinga biome occupies some 12% of the Brazilian territory, which is present in at least nine states. The species that constitute its biodiversity have the potential to be used as natural resources, among them are approximately 700 species of the genus Croton. As an example of this potential, the Croton linearifolius specie is used by local communities as a natural insecticide. Associated with the economic potential of the Caatinga species, one must stress the risk of extinction or genetic erosion due to the growing deforestation of natural areas of this biome. These factors make it relevant in genetic studies in order to guide conservation strategies. Considering the lack of molecular studies involving C. linearifolius, we compared the efficiency of six protocols for genomic DNA extraction previously described in literature. The DNA extraction buffers [based on the use of Cetyl trimethylammonium bromide (CTAB), sodium dodecyl sulfate (SDS), mannitol and sorbitol] were different in their efficiency to obtaining the genomic DNA of C. linearifloius. In general, protocols using CTAB buffer were more efficient. The use of liquid nitrogen in the maceration process was also evaluated and its use was considered a no necessary factor in obtaining DNA in adequate quantity and quality for PCR platform procedures.

Transferability of microsatellite loci from Croton floribundus Spreng. to Croton urucurana Baill. (Euphorbiaceae)

“…Because of this great medicinal importance, genetic studies are essential to develop conservation strategies and also products (Alves et al, 2012). For Croton genus there are some research related to genetic diversity (Angelo et al, 2005;Silvestrini et al, 2015;Rinthong et al, 2011;Scaldaferri, 2013Scaldaferri, , 2014Oliveira et al, 2016;Almeida-Pereira et al, 2017;Silva et al, 2018), however, molecular information are still scarce; for species C. urucurana they are almost non-existent and it is necessary to advance in the genetic diversity characterization of this species.…”

Reproducible genomic DNA preparation from diverse crop species for molecular genetic applications

“…These methods mainly use detergent-based extraction buffers containing cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) [12–16], sodium dodecyl sulfate (SDS) [17–20] and guanidine [21]. Some methods have included in the CTAB or SDS extraction buffer, sugars such as mannitol [22] or sorbitol [23, 24], antioxidants such as PVP-40 (polyvinylpyrrolidone; molecular weight, 40,000) [3, 5, 11, 25–30], or high salt [31, 32]. Most methods use phenol/chloroform for purification of the extracted DNA; while others add a purification step, by binding the extracted DNA to glass fiber coated plate wells [33] or to an anion exchange column [34].…”

ENCICLOPÉDIA BIOSFERA , Centro Científico Conhecer - Goiânia, v.14 n.25; p. 2017 66 COMPARAÇÃO DE PROTOCOLOS PARA EXTRAÇÃO DE DNA GENÔM ICO DA ESPÉCIE Atta sexdens (HYMENOPTERA:FORMICIDAE)

“…A seleção da técnica de extração de DNA, independente dos organismos a serem avaliados, depende da amostra estudada, do tempo necessário para a extração, suporte econômico da técnica (devido aos reagentes e equipamentos utilizados na extração) e mais importante, a qualidade do DNA extraído. Neste sentido, comumente são realizados estudos de comparação e otimização de protocolos para extração de DNA (SCALDAFERRI et al, 2013;DALBOSCO et al, 2015;VIANA et al, 2015;ZORTÉA et al, 2016). Na literatura há registro de diferentes métodos de extração de DNA que têm sido utilizados para formigas cortadeiras (DOYLE & DOYLE, 1990;WALDSCHMIDT et al, 1997).…”

“…Ao utilizar os seis protocolos de extração deste estudo, porém com a espécie de planta Croton linearifolius (Euphorbiaceae), SCALDAFERRI et al (2013) registraram o P1 como o menos eficiente e os demais protocolos como satisfatórios para a extração de DNA de C. linearifolius. Tal contraste é explicado, ao menos em parte, pelas variações entre o material biológico utilizado nesses dois estudos, sendo natural a existência de compostos secundários distintos entre tecidos de vegetais e de insetos.…”

“…Além do que, testes preliminares de amplificação, comumente realizados em estudos dessa natureza, poderão confirmar em cada caso, a necessidade de uso de Rnases. A ausência de influência de tais contaminantes em reações de PCR foi verificada por SCALDAFERRI et al (2013 Em síntese, de acordo com a quantificação espectrofotométrica analisada para todas as amostras, os melhores protocolos (citando-os na categoria decrescente a partir do melhor valor quantificado na extração) foram P1, P2, P5, P4, P3 e P6. Corroborando em grande parte os dados obtidos para a análise feita a partir do gel de eletroforese, onde foi observado como melhores protocolos P1, P4 e P5.…”