As cianobactérias estão amplamente distribuídas em ambientes eutrofizados, onde comumente podem formar florações tóxicas, como em pesqueiros. O objetivo desse estudo foi avaliar a biodiversidade de cianobactérias em dez pesqueiros da Região Metropolitana de São Paulo (RMSP). As amostras foram coletadas na subsuperfície, através de arrasto horizontal com rede de plâncton, em dois períodos: setembro/outubro de 2001 e fevereiro/março de 2002, totalizando 20 amostras. As amostras foram preservadas em formol a 4-5% e estudadas ao microscópio fotônico. Foram identificadas 23 espécies de cianobactérias pertencentes a cinco ordens, sete famílias e 15 gêneros. Synechococcales foi a ordem com maior riqueza de espécies (8), seguida por Chroococcales (6), Pseudanabaenales (5), Oscillatoriales (2) e Nostocales (2). Aphanocapsa Nägeli e Microcystis Kützing ex Lemmermann foram os gêneros mais representativos, com cinco e quatro táxons respectivamente. Dos 23 táxons identificados, 22% foram considerados frequentes, 35% pouco frequentes e 43% raros. Aphanocapsa annulata G.B. McGregor, Aphanocapsa delicatissima W. West & G.S. West, Aphanocapsa incerta (Lemmermann) Cronberg & Komarek, Aphanocapsa holsatica (Lemmermann) Cronberg & Komarek e Microcystis aeruginosa (Kützing) Kützing estiveram presentes em sete pesqueiros Esta é a primeira citação de Aphanocapsa annulata para o estado de São Paulo.