Este estudo investigou as variações espaço-temporais do mesozooplâncton do estuário do rio Emboraí Velho, no Norte do Brasil. As coletas foram realizadas em duas estações fixas, nos meses de janeiro, abril, agosto e novembro de 2018, e abril, setembro e dezembro de 2019. Amostras do zooplâncton foram obtidas através de arrastos horizontais realizados com redes de plâncton. As variáveis hidrológicas e as concentrações de clorofila-a foram simultaneamente medidas. Observou-se elevadas temperaturas (29,06 ± 0,16 °C) em dezembro/2019 (E1), turbidez (134,50 ± 80,00 UNT) em abril/2019 (E2), concentrações de oxigênio dissolvido (6,00 ± 0,98 mg.L-1) em agosto/2018 (E2) e concentrações de clorofila-a (15,04±6,21 mg.m-3) em janeiro/2018 (E1). Pseudodiaptomus richardi (1.097,31 ± 1.903,50 ind.m-3) apresentou as maiores densidades na estação-E2, em abril/2019. Copepoditos de Acartia (15.481,49 ± 45.094,33 ind.m-3) e de Pseudodiaptomus (830,22 ± 1.588,92 ind.m-3) apresentaram maiores densidades em abril/2019 (E2). Elevadas densidades de Oikopleura dioica (1.349,81 ± 115,50 ind.m-3; E1) e larvas de Gastropoda (3.822,92 ± 10.853,39 ind.m-3; E2) ocorreram em janeiro/2018 e abril/2019, respectivamente. Acartia lilljeborgii e Euterpina acutifrons apresentaram também elevados valores de densidade, ambas em novembro/2018 (E1). A estrutura e a dinâmica da comunidade mesozooplanctônica do estuário do rio Emboraí Velho apresentaram variações espaciais e temporais, as quais estiveram influenciadas pela precipitação e pelas flutuações locais de salinidade.