O presente estudo investigou o efeito da precipitação sobre os componentes hidrológicos e seus impactos sobre a comunidade mesozooplanctônica no estuário do Emboraí Velho, no Norte do Brasil. Coletas nictemerais foram realizadas com redes de plâncton de 200 μm de abertura de malha. O estuário do Emboraí apresentou dominância de águas mesohalinas e euhalinas, turvas, bem oxigenadas, com moderadas concentrações de clorofila-a e altas temperaturas. O mesozooplâncton esteve composto por um total de 27 espécies, entre as quais Acartia lilljeborgi, com densidade de até 2.708 ± 4.955 ind.m-3, e Oikopleura dioica (745 ± 1.280 ind.m-3), ambas na estação E1, com destaque em novembro. Paracalanus quasimodo (559 ± 828 ind.m-3) e Pseudodiaptomus richardi (429 ± 713 ind.m-3) apresentaram maiores densidades na estação E1, em abril. Oithona hebes (247 ± 327 ind.m-3) e Euterpina acutifrons (339 ± 677 ind.m-3) apresentaram maiores valores na estação E1, em novembro, enquanto que Pseudodiaptomus marshi (130 ± 230 ind.m-3) e Oithona oswaldocruzi (56 ± 97 ind.m-3), maiores densidades em novembro e em agosto, respectivamente, nesta mesma estação. A alternância da dominância das espécies identificadas esteve determinada por suas tolerâncias às variações de salinidade, disponibilidade de fontes autotróficas (clorofila-a) de alimento e pelas taxas de recrutamento.