Nesta pesquisa foram analisados os modelos mentais expressos sobre sistemas eletroquímicos, especificamente relacionados à eletrólise aquosa do hidróxido de sódio. A metodologia consistiu na aplicação de um minicurso para alunos do Ensino Médio de uma escola estadual do Oeste Paulista, com a realização de experimentos e a produção de animações pela técnica de Stop Motion pelos alunos, através dos quais se analisaram os seus modelos mentais a respeito dos processos de transferência de elétrons que ocorrem nos eletrodos, além da liberação de diferentes gases como consequência das reações de descarga dos íons, e à cinemática de espécies subatômicas. A análise se baseou na teoria de modelos mentais de Johnson-Laird, em que os materiais coletados, imagéticos ou escritos, foram analisados conforme a presença de elementos (tokens) característicos dos modelos mentais expressos. Os resultados de um questionário prévio demonstraram que os alunos possuem noções superficiais sobre a eletroquímica em geral, pois apresentaram dificuldades sobre como ocorre a eletrólise, em localizar o cátodo e o ânodo e em entender como se procede o fluxo de elétrons nos sistemas por meio de reações de oxido-redução. A explicação dos conceitos envolvidos, a realização de experimentos e a posterior produção de animações em stop motion pelos alunos, permitiram localizar suas principais dificuldades em entender a eletrólise. Por meio das animações, foi possível localizar aspectos incoerentes e falhas nos modelos mentais, relativas às noções de perda e ganho de elétrons, estequiometria de reações e movimentação das espécies químicas. A partir de um conhecimento acerca dos modelos expressos dos alunos, foi possível trabalhar em pontos específicos na explicação da eletrólise e contribuir para a construção de modelos mais adequados pelos alunos sobre o conteúdo em seu nível submicroscópico. A utilização do aplicativo Stop Motion no desenvolvimento de animações, se mostrou interessante para o ensino de Química e Ciências, pois houve um estímulo à imaginação, criatividade, reflexão crítica e a um pensamento lógico relativo à dinâmica das espécies químicas.