Conserve Nucleotide Motifs and Secondary Structures within Tobamovirus Subgenomic Promoters

Kyrychenko, A. M.; Shcherbatenko, I.S.

doi:10.15407/microbiolj81.01.106

Cited by 3 publications

(3 citation statements)

References 17 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Решта тобамовірусів (31 штам з 38-ми досліджених) мають по дві еквівалентні заміни нуклеотидів -A на G і T на C у позиції 4, за яких не лише зберігається, а ще й підсилюється взаємодія комплементарних нуклеотидів стеблових петель за рахунок трьох водневих зв'язків у пари GC замість двох у AT. По чотири однакові еквівалентні заміни нуклеотидів у близьких позиціях мають консервативні мотиви промоторів двох груп тобамовірусів, які містять три (7,11,12) 1) Кількість нуклеотидів у мотивах, збіжних з послідовністю стеблової петлі.…”

Section: таблиця 1 консервативні нуклеотидні сайти в геномних рнк тобамовірусівunclassified

“…У той же час встановлено наявність подібних нуклеотидних мотивів у промоторах (+) ланцюгів субгеномних і (-)ланцюгів геномних вірусних РНК [6]. Зважаючи на суперечливість наведених даних, наша робота була спрямована на комп'ютерний пошук консервативних нуклеотидних мотивів і вторинних структур у геномних промоторах тобамовірусів, подібних знайденим нами [7] в 76-ти субгеномних промоторах двох генів 38-ми вірусів [7]. Комп'ютерний пошук консервативних нуклеотидних мотивів та вторинних структур проводили в повногеномних сиквенсах вірусних РНК та в промоторних ділянках довжиною 190 нуклеотидів від 5'-і 3'-кінців геномів.…”

unclassified

See 1 more Smart Citation

Conserve Nucleotide Motifs within Tobamovirus Genomic Promoters

Kyrychenko¹,

Shcherbatenko²

2019

Mikrobiol. Z.

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Section: таблиця 1 консервативні нуклеотидні сайти в геномних рнк тобамовірусівunclassified

unclassified

Conserve Nucleotide Motifs within Tobamovirus Genomic Promoters

Kyrychenko¹,

Shcherbatenko²

2019

Mikrobiol. Z.

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

“…We have shown for the first time that the movement and coat protein subgenomic RNA promoters of tobamoviruses contain 9-nucleotide motives ggttcgttt or gattcgttt, flanked with length-variable gc-and at-rich sequences [14,15]. The 9-nucleotide motives are similar to those of the pol III promoter in tRNA genes (ggttcgantcc) and tobamovirus minus strand RNA promoter (gggattcgaattccc) suggesting similar transcription initiation signals in promoters of viruses and eukariotes [16].…”

mentioning

confidence: 99%

The Relationship between Viruses and Plant Cells in Natural Ecosystems and Some Approaches to Their Regulation

Kovalenko¹,

Shcherbatenko²,

Kyrychenko³

et al. 2017

Mikrobiol. Z.

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Viral diseases of plants cause considerable economic losses by lowering the harvest and deteriorating the production quality. To reduce the harm caused by viruses and to prevent their spreading, protective measures should be developed, including those that apply resistance genes, resistance inducers, and viral infection inhibitors. The purpose of this article is to provide an up-to-date information on plant virology, mainly concerning virus-plant interactions and covering topics on biological and molecular characteristics of the most pathogenic viruses, viral host range, disease symptoms, and various antiviral defense strategies of host plants. We also attempted to highlight general characteristics and diagnostic methods for some plant viruses and to elucidate the virushost interaction at the molecular level. Economically important viruses, such as Bean yellow mosaic virus (BYMV), Beet necrotic yellow vein virus, Beet yellows virus, and Hosta virus X were investigated. Their genome sequences showed maximum identity with BYMV strains reported from Russia, Australia, and Argentina. The sequence data was submitted to NCBI, accession numbers: KT923790.1 for the soybean isolate and KT923791.1 for the bean isolate of BYMV. Using computational analysis, we first show that subgenomic tobamovirus promoters contain 9-nucleotide motives similar to those of the pol III promoter in tRNA genes. The results obtained suggest an existence of similar transcription initiation signals in promoters of viruses and eukaryotes. Glycans, obtained from Basidiomycota mushrooms, can inhibit viral infections and activate non-specific defense mechanisms in host plants at the gene or conformation levels. Some of them adsorb of virions, and thus an interaction between a virus and a cell is, probably, blocked resulting blocking of infection in general. The study aims to promote economic and socially acceptable ways of protecting plants from viral diseases, as well as to improve the applicability of research in plant virus ecology for prediction and control of plant virus outbreaks.

show abstract