O objetivo deste estudo foi analisar a prevalência da autopercepção negativa de saúde de adolescentes durante a pandemia de covid-19 e fatores associados. Trata-se de um estudo descritivo de corte transversal, realizado com 287 adolescentes. Foram avaliadas questões referentes à autopercepção de saúde, ao perfil sociodemográfico e aos fatores comportamentais. As razões de prevalência (RP) e os intervalos com 95% de confiança (IC95%) foram estimados por meio de modelos múltiplos de regressão de Poisson. A prevalência de autopercepção negativa de saúde foi observada em 31,0% dos adolescentes. Observou-se que a imagem corporal (RP = 1,14; IC95%:1,05-1,23), a prática de atividade física (RP = 1,12; IC95%:1,03-1,21), a qualidade do sono (RP = 1,17; IC95%:1,08-1,28) e o consumo de frutas (RP = 1,18; IC95%:1,07-1,30) mostraram-se associados à autopercepção negativa de saúde dos adolescentes. Conclui-se que, durante a pandemia de covid-19, foi observada alta prevalência de autopercepção negativa da saúde. Ademais, a insatisfação com a imagem corporal, a prática de atividade física insuficiente, a qualidade do sono ruim e o consumo de frutas afetaram a autopercepção de saúde dos adolescentes.