Este artigo discute os aspectos construtivos dos poços e a qualidade físico-química das águas subterrâneas no cenário do Domínio Hidrogeológico Sedimentar do aquífero aluvionar do baixo vale do rio Jaguaribe, São João do Jaguaribe, Ceará, e sua interface com o uso e ocupação do solo. Dos poços mapeados, grande parte apresenta alguma deficiência quanto aos aspectos construtivos e de proteção sanitária recomendados pela ABNT. Em relação à qualidade das águas subterrâneas, foram feitas análises físico-químicas de 30 amostras representativas do aquífero aluvionar, com determinações do pH, turbidez, condutividade elétrica, cátions e ânions maiores, sólidos totais dissolvidos, sílica, dureza, alcalinidade, compostos nitrogenados, fluoreto, ferro, turbidez, alumínio e fosfato. As concentrações dos compostos nitrogenados das águas do aquífero aluvial não sugerem importante contaminação antrópica local do aquífero, visto que o nitrito e a amônia raramente foram detectados e o nitrato apresentou concentrações traço. Constatou-se que a qualidade da água é naturalmente prejudicada principalmente pela elevada concentração de ferro, que se reflete na turbidez e cor da água de quase todos os poços. Sódio e cloreto em 37% das amostras estão em concentrações que caracterizam águas salobras; no restante das amostras a concentração de sólidos totais dissolvidos é inferior a 1000 mg L-1. Desse modo, predominam na área de estudo águas doces, que submetidas a tratamento para remoção do ferro, podem se tornar adequadas para diversos usos. Valores de pH, amônia, nitrito, nitrato, sulfato e alumínio estão 100% dentro dos máximos permitidos. O principal processo geoquímico relacionado à qualidade da água é a interação rocha-água, devido ao longo tempo de residência da água no aquífero aluvionar, que, em média, considerando a série histórica 1973–2020, não recebe recarga pluvial.