Os rios são um dos agentes geomorfológicos que mais deixam marcas nas paisagens naturais, apresentando uma dinâmica de produção, transporte e deposição de sedimentos. A seção transversal, o traçado e a declividade do canal são características do canal fluvial que se modificam em intervalo de tempo muito curto, podendo essas mudanças serem naturais ou antrópicas. O presente estudo foi realizado no rio Jaguaribe, um dos principais cursos fluviais intermitentes do Ceará, cuja vazão é perenizada pelo açude do Castanhão. O objetivo do trabalho é comparar a magnitude das vazões com as mudanças morfológicas na seção transversal da Estação Fluviométrica de Quixeré (período 2006-2019). Para tanto foram determinados o tempo de retorno e a probabilidade de ocorrência das vazões máximas anuais pelas fórmulas de Weibull. O estudo da variação morfológicas na seção transversal se deu a partir da análise de perfis topográficos empregando os parâmetros estatísticos de Olson-Rutz e Marlow (1992). Os resultados mostraram que a área da seção transversal, num período caracterizado por vazões altas (2008-2009) e vazões baixas (2016-2019), variou em torno de um valor médio (1.484 m2) caracterizando uma condição de equilíbrio. Os parâmetros estatísticos evidenciaram que a área da seção transversal, modificada pela soma da erosão e da deposição durante as vazões altas ou baixas, variou em porcentagens muito similares. Por outro lado, a magnitude do processo erosivo ou deposicional predominante foi maior nos períodos com vazões altas do que épocas com vazões baixas.